gromace里有一个好像是加水的命令可以做到。我也记得不清楚了，可以自己写程序实现，或写个tcl脚本在VMD下实现。
    关键的问题是把膜挖了，再加水。
    具体的做法，网上有教程。

这个有现成的tcl脚本吧。

VMD用鼠标就可以直接将特定的原子或者基团平移到某个位置或者旋转（shift＋）。至于挖空膜，可以选出特定位置的原子，然后保存的时候不要保存这些，就得到中空的.pdb结构了

我最近是没有空，不然整理一下那些脚本，半年前跑过2007年月底发布的那个beta2的膜蛋白，以及gpr39。现在转方向的没搞了！东西可能还在cluster上！东西勉强能用，记得是包的popc膜。

[ Last edited by shiyi09 on 2008-12-15 at 12:44 ]

先在ＶＭＤ下打开膜蛋白和磷脂双分子膜的ｐｄｂ文件，然后固定膜，移动蛋白受体，直至移动到磷脂膜的中间（或者说被磷脂膜全包住），然后ｓａｖｅ蛋白坐标。然后用ｍｓｍｓ产生受体蛋白的ｓｕｒｆａｃｅ文件。

另外还要用Ｇｒｏｍａｃｓ３１４对磷脂膜的ｐｄｂ文件做处理，然后ｍｄｒｕｎ，ｍａｋｅｈｏｌｅ．．．．
　
具体详见ｇｒｏｍａｃｓ３１４和ｍｓｍｓ的ｍａｎｎｕａｌ，

哈，好像有点答非所问！ＶＭＤ用ｓｈｉｆｔ和８来移动旋转蛋白，千万不要移动莫分子的坐标，然后ｓａｖｅ蛋白分子的坐标，另存为＊．ｐｄｂ就可以了。

额，做膜的欢迎加我QQ哈
851750505，(*^__^*)