蒙特卡罗是一种方法
如果搞的好的话,可以做很多的工作
现在需要自己写程序

请问：是用C语言编写吗？用什么软件编程呢？

1.可以作分子动力学模拟的软件很多，其中包括单独的专门软件如：gromacs(免费)，NAMD，Amber，CHARMm等；以及集成于大型软件包当中的InsightII/Discover,Amber，Material Studio/Discover等等。

2.蒙特卡罗是一种优化方法，既然是方法那么本身这四个字代表的便是一种理论，而你若要实际应用蒙特卡罗方法来解决遇到的实际问题，那么就要求诸于“实现了此理论算法”的软件，目前在各个不同领域有非常多的使用蒙特卡罗算法的软件，这是人家已经写好的，勿需你自己编程。你要搞明白自己研究哪一方面的事情，然后再从该领域选择软件。当然能力强的话也不排除自己写这个实现的算法。

3.如果你要自己编程的话，什么语言并不重要，重要的是你用这种语言实现了你的目的算法，并且可以应用于实际，还是那句话，白猫黑猫抓住耗子就是好猫。目前的主流语言包括C,C++,fortran,python,perl等，只要你够强，我想任何语言都能解决问题，

十分感谢您的回答，对我启发很大，我想做方解石晶体表面与氨基酸的分子动力学模拟，你说哪个软件比较适合呢？

因为我只是用过分子动力学模拟，这不是我的主要研究内容，因此也就并没有比较所有这些分子动力学模拟软件的优劣。但是有一点我可以说，其实每个分子动力学模拟软件的实现的“理论”都是一样的，它们之间的不同很大程度上是由于采用的分子力场的不同。
因此我的建议是尽量去选择合适你的研究体系的分子力场，比如说像倾向于蛋白质研究而开发的cvff, amber力场等很可能就不是最适合你的研究体系的。然后再根据这个力场去选择软件，这是一种考察方式和选择方法，仅供参考。
对于你的体系我没有发言权，对于分子动力学软件比较我也没有发言权，有赖于你自己去考察，仅希望愚见能对你有所帮助

十分感谢！我自己再去摸索摸索。你的建议对我相当有帮助！希望以后能与你多交流。我邮箱：wcm_tom2006@yahoo.com.cn

MC还不够 如果想真正做点动力学的东西的话 KMC是不错的选择 不过CODE很难得 需要自己写