hei hei, shou le

Materials Explorer软件主要特点是分子动力学计算及Monte Carlo吗？

这个还没用过，能否将其与ms或vasp进行比较一下，多谢！

能不能给些详细的介绍：软件的功能，实用性，应用的领域

强大的多功能分子动力学软件系统
  
　　Materials Explorer——多功能分子动力学软件包。拥有强大的分子动力学计算及Monte Carlo软件包，是结合应用领域研究材料工程的有力工具。她的计算速度非常快，单机即可模拟几千原子在内的体系。ME带有便捷友好的图形界面，同时适合专业用户和实验用户。

功能:

模块能力：

1. Crystal Builder 用于无机固体及分子晶体系统的研究；

2. Solution Modeler 轻松建立随机多组分液相或气相系统；

3. Layer Cell Model 研究异相系统（气-固界面，固体颗粒边界等）；

4. 可导入由CAChe或WinMOPAC建造的分子结构；

5. 轻松进行分子模拟，从而研究晶体或外延生长，表面吸附和表面破坏；

6. 利用复制，剪切和粘贴功能建立带有缺陷和杂质的模块系统；

7. 利用自选的客户-服务模量可在vector或SMP Unix服务器上进行高性能计算；

8. 时间-依赖的温度和压力控制用于研究相转变和模拟退火。

科学能力

1．各种灵活的模拟功能：

利用Parrinello-Rahman-Nose法进行NEV,NTV,NPH,NTP模拟；

利用SHAKE和MATRIX算法进行键约束计算周期边界条件；

联合原子模型；

2．评估界面势能的高级算法大大提高了计算效率。

3．外部电场的应用。

分析能力

Materials Explorer可评估以下性质：

1. 对X射线和中子衍射的干涉函数；
2. 电子配对相关性和自由基分布函数；
3. 方均位移核扩散常数；
4. 利用Voronoi分析对无定形固态进行表征；
5. Monitoring Module 用来显示时间与温度，压力，内部能量等性质的二维图像；
6. 3D Atomic Configuration Module用来显示系统的快照，轨迹和动画；
7. MSD Module 从输出数据计算方均位移（MSD），并可显示其二维图像。还可计算每个元素的扩散,系数以及每个分子的重心；
8. PCF Module计算配对相关性函数和自由基分布函数，并会出相应的二维图；
9. 研究体系包括有机物、高聚物、生物大分子、金属、陶瓷材料、半导体等晶体、非晶体、液体和气体相变、膨胀、压缩系数、抗张强度、缺陷等。

　　新版本增加了聚合物建模功能及热传导率分析功能。聚合物建模功能可轻松制作原来制作难度较大的聚合物聚集体模型。热传导率分析功能采用非平衡分子动力学方法，能够以更高的精度算出热传导率.图形功能的强化则以两种套件为对象。加强了多光源设定、材料特性显示、图像单元显示等可进行高效描述的图形功能，

在我看来，materials explorer很差劲。先说建模吧，建一个简单的模型感觉都挺复杂的，而且好多文件格式无法导入。与MS建模的方便、快捷相比，它简直就是。。。。。。

再说力场吧，分子动力学模拟的关键在于力场，一个好的力场参数是成功描述一个体系首要条件，materials explorer里用的好像都是amber之类的力场，与MS里的discover力场没法比，建了同样一个体系，用discover运行结果挺好，用materials explorer跑起来就全散架了。所以在我个人看来，materials explorer跟MS里的建模模块和分子动力学模块相比，难以望其项背。
VASP是基于第一性原理的分子动力学模拟（ab-initio MD），而materials explorer是经典分子动力学模拟，两者完全不一样，没什么可比性。

唯一让我觉得它不错的地方就是可以非常方便的加入电场、力场。但是MS里也可以加入电场(只是要在它的输入文件里加而已)，所以优势并不明显。

这只是我个人使用的一点感受而已，因为materials explorer使用的不多，所以评价可能并不完全，甚至有不当之处，请见谅。

[ Last edited by szukkboy1 on 2007-12-23 at 15:05 ]

虽然不用，支持资源，呵呵