常规的大概流程是：1. 挑菌；2. 摇菌；3. 提取菌液DNA（可采用试剂盒）；4. 构建PCR体系并进行PCR；5.电泳检测结果。
具体操作在文章上都可查到，当然必要时可根据你的具体要求对实验操作进行一些更改.

还有一种比较简便的方法就是菌落PCR（Colony PCR），优点是可不必提取基因组DNA，不必酶切鉴定，而是直接以菌体热解后暴露的DNA为模板进行PCR扩增，省时少力。建议使用载体上的通用引物。通常利用此方法进行重组体的筛选或者DNA测序分析。最后的PCR产物大小是载体通用引物之间的插入片断大小。
具体方法：
1、PCR混合物的制备
Taq buffer（10×）                  20 ul
dNTP（2.5 mM）                     5 ul
Primer Forward（50 mM）      10 ul
Primer Reverse（50 mM）     10 ul
ddH2O                                    147 ul
Taq（2U/ul）                            8 ul
total                                        200 ul
将上述溶液混匀，10 ul每管分装于200 ul PCR管中。

2、常温下随机挑选转化板上的转化子，用灭菌的牙签或枪头挑取少量菌体，在LB琼脂糖平板上轻点，做一拷贝；然后将沾有菌体的牙签或枪头置于相应的装有PCR混合物的PCR管中洗涤数下（管子做好记号，如平板上点的是1＃，则管子上也标1＃，以便筛选到克隆后的扩到培养），盖紧管子。

3、将混有菌体的PCR混合物置于PCR仪中，按常规条件扩增。电泳检测是否得到目的片断。如有则为阳性克隆。

4、将已经接种有菌落的平板置37℃培养箱培养过夜，使菌落扩增；次日挑选阳性克隆做进一步筛选或培养。步骤2也可以不点板，直接接种摇菌，如果早上做PCR的话，下午就可以提质粒，得到重组载体。

注意事项：设计引物很关键。一般如果是定向克隆，用载体上的通用引物即可；如pET系列可用T7通用引物。如果是非定向克隆（如单酶切或平末端连接），一条引物用载体，一条引物用目的基因上的，这样就可以比较方便的鉴定了，而且错误概率很低。PCR条件的选择接近最佳，同时挑取的菌体不宜太多，否则会有非特异性扩增。

[ Last edited by yangchang1018 on 2007-11-13 at 11:30 ]，

pcr鉴定菌吗？
简单的做法，  拿一个平板，背面画出小格子，并标号.
准备pcr反应体系，不加模版。
挑一半菌涂板，另一半PCR。除了阳性结果，再提质粒，酶切鉴定下，然后测序！！

兄弟，菌落PCR个人意见，
没有什么

第一用灭菌的牙签挑取少量的菌落
加入PCR管，

加入准备好的PCR反应体系
离心就可以PCr了，

一般使用通用引物
退火温度高一点60-63可以jiuxing
30循环

请参考张洪涛在生物技术上发的文章很详细

张洪涛在生物技术上发的文章,这个文章我怎么查不到呢,能不能告诉我题目啊,感谢啊

菌落PCR要注意的是，有些人加好样进行PCR之前喜欢离心甩一下。菌落PCR不能离心的，否则菌体沉到管底就扩增不到了。