Gromacs是有名的分子动力学模拟软件，重写商业的Gromos，免费，而且号称是世界上最快的动力学代码。
Amber是生物分子模拟里的最好的力场之一，甚至可以不说之一。
但是由于种种原因，Gromacs中没有直接包含Amber力场。
参考 http://folding.stanford.edu/ffamber/ 的介绍，下面给出在gromacs中使用Amber力场的方法：

Install FF:
1.下载力场 ：
http://folding.stanford.edu/ffamber/ffamber_v3.3.1.tar.gz
(490 kB)
http://folding.stanford.edu/ffamber/ffamber_v3.3.1-doc.tar.gz
(6.54 MB)带文献例子
2.解压缩
3.把aminoacides.dat、vdwradii.dat拷到top文件夹下覆盖，实际上一股脑考过去就完了。
4.子文件夹下的东西都拷到外面，也就是top里面。
5.修改FF.dat,修改第一行的数字，加上新添的力场数。
6.为每个新的力场增加新行，如：
     ffamber94 AMBER94 Cornell protein/nucleic forcefield
     ffamber99 AMBER99 Wang protein/nucleic acid forcefield
     ffamber99p AMBER99p protein/nucleic forcefield
     ffamber03 AMBER03 Duan protein/nucleic forcefield

Edit PDB:
1.DNA残基名改成DA、DT、DC、DG，分子为A、B。
2.所有的(*)字符换成(')。
3.端基的残基名改为DX5/DX3,或NXXX/CXXX。
4.DT中：O2->O
5.DT中：C5M->C7
6.DT中：H5M->H7
7.DC中：O2->O
8.比较麻烦:两个等位的H，形如nHX,->HXn
9.蛋白质的话，LYS->LYP

残基中的原子修改方法是将标准的DNA文件和gromacs里Amber的rtp文件逐一比较得到的，希望会对这方面的研究者有所帮助。 返回小木虫查看更多