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panda_wendao金虫 (小有名气)
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在gromacs中使用Amber力场
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Gromacs是有名的分子动力学模拟软件，重写商业的Gromos，免费，而且号称是世界上最快的动力学代码。 Amber是生物分子模拟里的最好的力场之一，甚至可以不说之一。 但是由于种种原因，Gromacs中没有直接包含Amber力场。 参考 http://folding.stanford.edu/ffamber/ 的介绍，下面给出在gromacs中使用Amber力场的方法： Install FF: 1.下载力场 ： http://folding.stanford.edu/ffamber/ffamber_v3.3.1.tar.gz (490 kB) http://folding.stanford.edu/ffamber/ffamber_v3.3.1-doc.tar.gz (6.54 MB)带文献例子 2.解压缩 3.把aminoacides.dat、vdwradii.dat拷到top文件夹下覆盖，实际上一股脑考过去就完了。 4.子文件夹下的东西都拷到外面，也就是top里面。 5.修改FF.dat,修改第一行的数字，加上新添的力场数。 6.为每个新的力场增加新行，如： ffamber94 AMBER94 Cornell protein/nucleic forcefield ffamber99 AMBER99 Wang protein/nucleic acid forcefield ffamber99p AMBER99p protein/nucleic forcefield ffamber03 AMBER03 Duan protein/nucleic forcefield Edit PDB: 1.DNA残基名改成DA、DT、DC、DG，分子为A、B。 2.所有的(*)字符换成(')。 3.端基的残基名改为DX5/DX3,或NXXX/CXXX。 4.DT中：O2->O 5.DT中：C5M->C7 6.DT中：H5M->H7 7.DC中：O2->O 8.比较麻烦:两个等位的H，形如nHX,->HXn 9.蛋白质的话，LYS->LYP 残基中的原子修改方法是将标准的DNA文件和gromacs里Amber的rtp文件逐一比较得到的，希望会对这方面的研究者有所帮助。 |
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