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引物设计的时候怎么在DNA的同一条链上设计. 已有9人参与
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| 最近在学设计引物突然想到一个问题。就是设计引物为什么上下引物都在DNA的同一条链上。这不是只能扩增DNA的一条链吗？那另一条链没被扩增最后不是不一样吗?而且模板链没被扩增。那不是一直都只有原始的模板链当模板吗/ |
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9楼2015-09-02 11:12:15
Huobol
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上游引物扩增得到的单链与你的输入序列一致，即双链中上面那条，也就是编码链，与起始密码子ATG方向相同；下游引物扩增得到的单链与你的输入序列反向互补，即双链中下面那条，也就是模板链。当然你输入的只是部分序列的话就谈不上编码链或是模板链了，除非已经知道研究的是编码序列了。软件设计得到的就是扩增双链的，图中的两条链，上面的那条蓝色代表编码链，即你的输入序列，红色代表模板链，即你的反向互补序列，所以当你点击S你会发现图中有一小段蓝色序列即上游引物序列与一条红色的反向互补序列配对，扩增得到你的输入序列对吧，当你点击AS，你会发现图中有一小段红色序列即下游引物序列与一条蓝色的即正向即你的输入序列配对，扩增得到反向互补序列对吧。希望我说的颜色没有错，我记得上面是蓝色下面是红色。 发自小木虫Android客户端 |
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16楼2015-09-04 11:25:12
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pp5.0么？那个软件你用的不对，它左上角有个A和S分别表示正义链和反义链，然后你针对它们设计某基因的上下游引物，网上下个操作手册吧！ 发自小木虫Android客户端 |
8楼2015-09-02 11:02:37
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【答案】应助回帖
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可以这么想，因为一般的基因的DNA都有两条链，正义和反义，我们设计上游引物肯定要和反义链互补配对设计，设计下游因为必然要和正义链配对，建议你再看看PCR的原理吧 发自小木虫Android客户端 |
10楼2015-09-02 11:21:05
