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弱者退散

铁虫 (小有名气)

[求助] 引物设计的时候怎么在DNA的同一条链上设计. 已有9人参与

最近在学设计引物突然想到一个问题。就是设计引物为什么上下引物都在DNA的同一条链上。这不是只能扩增DNA的一条链吗?那另一条链没被扩增最后不是不一样吗?而且模板链没被扩增。那不是一直都只有原始的模板链当模板吗/
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弱者退散

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 976592787 at 2015-09-02 11:02:37
pp5.0么?那个软件你用的不对,它左上角有个A和S分别表示正义链和反义链,然后你针对它们设计某基因的上下游引物,网上下个操作手册吧!
...

就是那个A和S不是我们需要的引物是吗?还需要针对它设计引物是吧。 谢谢
9楼2015-09-02 11:12:15
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Huobol

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
上游引物扩增得到的单链与你的输入序列一致,即双链中上面那条,也就是编码链,与起始密码子ATG方向相同;下游引物扩增得到的单链与你的输入序列反向互补,即双链中下面那条,也就是模板链。当然你输入的只是部分序列的话就谈不上编码链或是模板链了,除非已经知道研究的是编码序列了。软件设计得到的就是扩增双链的,图中的两条链,上面的那条蓝色代表编码链,即你的输入序列,红色代表模板链,即你的反向互补序列,所以当你点击S你会发现图中有一小段蓝色序列即上游引物序列与一条红色的反向互补序列配对,扩增得到你的输入序列对吧,当你点击AS,你会发现图中有一小段红色序列即下游引物序列与一条蓝色的即正向即你的输入序列配对,扩增得到反向互补序列对吧。希望我说的颜色没有错,我记得上面是蓝色下面是红色。

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让羽毛再飞一会儿
16楼2015-09-04 11:25:12
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普通回帖

a86052

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你的上游引物难道不是和另一条链结合后扩增么?
2楼2015-09-01 16:46:54
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jiqinger

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引物的一条链在DNA链上,另一条链与这条DNA互补。
123456
3楼2015-09-01 18:09:33
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976592787

木虫 (正式写手)

国家自然科学基金委员会委员长

你是不是在逗我?你有做过引物设计吗?

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耻与众草之为伍,何亭亭而独芳!何不为人之所赏兮,深山穷谷委严霜。
4楼2015-09-01 21:23:34
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弱者退散

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by a86052 at 2015-09-01 16:46:54
你的上游引物难道不是和另一条链结合后扩增么?

不是啊。用PP5设计它上下游引物都是与用来设计的那条链的5端和3端互补啊。所以才提出疑问。是不是下游引物我们用的是设计出来的反向互补链啊。
5楼2015-09-02 10:54:43
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弱者退散

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 976592787 at 2015-09-01 21:23:34
你是不是在逗我?你有做过引物设计吗?

刚开始做。用PP5设计。发现上下游引物都是与用来设计的那条链互补的。
6楼2015-09-02 10:56:40
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弱者退散

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by jiqinger at 2015-09-01 18:09:33
引物的一条链在DNA链上,另一条链与这条DNA互补。

刚开始做。用PP5设计。发现上下游引物都是与用来设计的那条链互补的。所以说没有引物与另一条链互补。是不是其中一条要取其反向互补啊。
7楼2015-09-02 10:57:46
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976592787

木虫 (正式写手)

国家自然科学基金委员会委员长

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-09-03 23:03:02
引用回帖:
6楼: Originally posted by 弱者退散 at 2015-09-02 10:56:40
刚开始做。用PP5设计。发现上下游引物都是与用来设计的那条链互补的。...

pp5.0么?那个软件你用的不对,它左上角有个A和S分别表示正义链和反义链,然后你针对它们设计某基因的上下游引物,网上下个操作手册吧!

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耻与众草之为伍,何亭亭而独芳!何不为人之所赏兮,深山穷谷委严霜。
8楼2015-09-02 11:02:37
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976592787

木虫 (正式写手)

国家自然科学基金委员会委员长

【答案】应助回帖

可以这么想,因为一般的基因的DNA都有两条链,正义和反义,我们设计上游引物肯定要和反义链互补配对设计,设计下游因为必然要和正义链配对,建议你再看看PCR的原理吧

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耻与众草之为伍,何亭亭而独芳!何不为人之所赏兮,深山穷谷委严霜。
10楼2015-09-02 11:21:05
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