| 查看: 2471 | 回复: 4 | ||
饿的神啊新虫 (著名写手)
|
[求助]
急求！核苷酸序列翻译成氨基酸后，怎么回到对应的核苷酸序列？ 已有2人参与
|
|
下载了一段核苷酸序列，通过NCBI的ORF finder找了ORF，后来又比对找到了保守域，现在知道这个保守域的氨基酸序列，我想找到对应的最初的核苷酸序列应该怎么办呢？附上序列 最初的核苷酸序列 >Cs8g12000.3 transcript(len:3478) -964.74 CAGAAATGCATAGACATTTTAAAGAGATTAGACAGCCGCTAACTGTTTGATAATAATCTCTTTTTCTCCATGCAAATATATATCACTCAA AATTAGTAACATACGAGTAGTCTTTCAATTGACTGAAAATTCTTCATATTCATTCATTCATTCATTCAATTTCATGAAAAAAATGAGAAG CGAGGAGGGCAGAGGAGGCTATATTGAAAACAATTCAGATACTGAAAGTATTGGCAGTGACAAAAGCGCATTCAGCGGACCGCTTGCCAA TAAACGAGCTTCCAAGAAAAGCGCCCGGTTCAATCTTCCGCCAGAAGCAGCAGTCACAAGCAGCAGTAACAATAACGATGATGGTGGTTA TGTAGAGATCACACTGGACATACGTGATGACTCTGTCGCAGTTCACAGCGTTCAGGGCGCACTTCATCATGAAGATCCTGAGTTGTCACT GTTGGCCAAGAAGACTTTGGAGATTAATAATAAATCTTCATCATTTCGGTCGTCTTTGTTCAGAAACACTTCCTCGCATATCAAGCAGGT CTCTCAAGAGCTCAAACGCTTTGCTTCCTTGACACGGCGACCCAGCAGCAGGCGTTTTGATAGGACTAAATCCGCTGCAGCTCATGCTCT TAAAGGACTCAAGTTCATCACCACCAAGACGGGAGCTGCCGGAAATGGCTGGCCTGCCGTCGAGAAGCGGTATAACGAGCTCGCCATCAC GACCTCCGACGGCCTTCTTCATTGCTCGATGTTCGGCGAATGCATAGGGATGAACAAGGAGTCTAAAGAATTTGCGGGTGAGCTATTCCG AGGACTTTGTAGAAAGCATAATATAAGTGGTGATTCTATCAACAAAGCTCAGCTCAAGGAGTTTTGGGACCAGATTTCCGACGAGAGCTT TGACTCCAGGCTCCAAACTTTCTTTGACATGGTCGACACAGACGCTGATGGAAGAATCACTGAAGAAGAAGTCAAAGAGATTATTAGTCT GAGTGCTTCTGCAAACAAGCTCTCCAACATTCAGAAACAAGCAGAGGAATATGCAGCCATGATTATGGAAGAATTAGACCCTGACAATGC CGGATACATCATGATTCATAACCTGGAAACATTGTTGTTGCAAGCTCCAAATCAATCTGTAAGAGTAGGAGACAGTCGAATTCTGAGTCA AATGTTGAGCCAGAAGCTGAAGCCAACCCAAGAAAACAACCCATTACGAAAATGTTATCAGAAGATTAAGTACTTTTTGATGGATAATTG GCAAAGGGTTTGGATTATGCTGTTGTGGCTTGGAATTGTTGGGGGTTTATTTGCCTACAAGTTTGTGCAGTACCGAAACAAGGCTGCTTA TGATGTGATGGGCTATTGCGTTTGCATTGCTAAAGGAGGAGCAGAGACACTTAAATTCAACATGGCCTTGATATTATTACCAGTTTGCCG AAACACCATCACATGGCTCAGAAACAAAACTAAATTAGGACTTGTTGTCCCTTTCGATGACAACTTAAATTTCCATAAGGTGATCGCGGT TGGAATTGGGATTGGAGTTATATTACACGGCGGAGCTCATCTAACCTGTGATTTCCCGCGACTCCTCCACGCGACTGAAGAAGAATACGA GCCAATGAAGCCTTACTTTGGGGACGAGCAACCGGATAATTACTGGTGGTTTGTAAAGGGAGTTGAAGGAGTAACAGGGATCATAATGGT GGTGTTAATGGTGATAGCATTCACTTTGGCAACGCCTTGGTTCAGGCGCAACAAGCTCAATCTGCCAAAACCACTTAAAAGACTCACTGG ATTCAATGCCTTTTGGTACTCACATCATCTTTTCATCATTGTCTATACCCTTCTCATTGTCCATGGAATTAAACTCTATCTCACCAAGAA ATGGTATCAGAAGACGACATGGATGTATCTGGCTGTCCCGATGGTTCTTTATGCTTGTGAGAGATTGACTAGAGCTTTGAGATCAAGCAT CGAGCCTGTCAAGATTCTCAAGGTTGCTGTTTATCCTGGAAATGTCTTGGCATTACACATGTCAAAACCACAAGGCTTCAAATACAAGAG CGGACAGTACATGTTTGTAAATTGCGCTGCCGTCTCACCATTCGAATGGCATCCGTTTTCCATCACATCATCACCAGGAGATGACTACCT CAGCGTTCACATCCGAACTTTGGGCGATTGGACTAGGCAGCTTAAGACAGTTTTCTCTGAGGTTTGCCAGCCTGCACCTGCTGGGAAGAG CGGTCTTCTCAGAGCAGAAAGGGAAAATAACTCTCGAGGGTATGTATTATTTGTTTTTTCCTTTTTAATAATTCATCAATGAAATTAATG TAAAATATTTGACAGAATGTTGACATAGATAAGATAAGACAAATACCAATTTAATTACTTAACTAAAAAATAAAGTAAATCTCAACTAAT TTCGCTTATATTTCTGTTACCGTTCTATCAAGATTCTGTTTGTGTCTTTCTCCTTTTTTGAATTAAAATTTATATCTTGTGATGTAGCAG GTTTCCAAAGATATTAATAGACGGACCATATGGAGCACCAGCTCAAGACTATAAAAAATATGATGTAGTGCTACTAGTGGGGCTTGGAAT TGGGGCTACTCCCATGATCAGCATAGTCAAAGACATCATCAACAACATGAAATCAGAAGACAACAATTTAGAGTCAGGATTAACAGTAAA CAACAACAACAAGAATTCATCATTCAATACAAGAAAAGCATACTTCTATTGGGTGACAAGGGAACAAGGTTCATTCGAGTGGTTCAAAGG CATAATGAATGAGGTGGCGGAGATGGATGAGAAGAGGGTAATAGAATTACACAATTATTGCACAAGTGTGTACGAAGAAGGAGATGCCAG GTCAGCGCTTATAGCTATGCTTCAATCACTCCATCATGCAAAGAATGGTGTTGATGTTGTTTCTGGGACACGTGTCAAATCTCACTTTGC TAAGCCAAATTGGAGACAAGTTTACAAGAGGATTGCTCTTCATCATCCTGATTCTAGAATTGGAGTATTCTATTGCGGTGCACCCGCACT AACAAAGGAGCTAAGACAACTAGCCTCGGATTTCTCCCACAAGACTTCCACTAAGTTTGAATTTCATAAAGAAAATTTTTAAAATTAATT AATTTATAGCTTCATCAATTGATTAATAATATTATTCTTGAACTTGGAAAGTTTTTTCTTTCTTTAGAAAGGAAGGTCCTCGGACATTAG TAGCCACTTGCAAATAGAAAATACGTACACTCAAATGGTCTGACTTTTCTTTTCTCTTTTTTTAATCACCCTTTTAAAAAATAAAGAGAG TGATGCCCCTTCTAGTCTTCTAGAAGAGTTGTTCAGTTTTATAGATATTCCAAAGTCCAATCTTACAGCTGTTCAACGTATTGTGTAATT CAATTCTTTCTTAATTGTTGACTGAATTGAATATGTAATGTAAACATATTCAGAGCTC 这个是ORF >Cs8g12000.3 722aa NADPH-OX superfamily; EFh superfamily; EF-hand-7; Ferric-reduct superfamily; FNR-like superfamily MKKMRSEEGRGGYIENNSDTESIGSDKSAFSGPLANKRASKKSA RFNLPPEAAVTSSSNNNDDGGYVEITLDIRDDSVAVHSVQGALHHEDPELSLLAKKTL EINNKSSSFRSSLFRNTSSHIKQVSQELKRFASLTRRPSSRRFDRTKSAAAHALKGLK FITTKTGAAGNGWPAVEKRYNELAITTSDGLLHCSMFGECIGMNKESKEFAGELFRGL CRKHNISGDSINKAQLKEFWDQISDESFDSRLQTFFDMVDTDADGRITEEEVKEIISL SASANKLSNIQKQAEEYAAMIMEELDPDNAGYIMIHNLETLLLQAPNQSVRVGDSRIL SQMLSQKLKPTQENNPLRKCYQKIKYFLMDNWQRVWIMLLWLGIVGGLFAYKFVQYRN KAAYDVMGYCVCIAKGGAETLKFNMALILLPVCRNTITWLRNKTKLGLVVPFDDNLNF HKVIAVGIGIGVILHGGAHLTCDFPRLLHATEEEYEPMKPYFGDEQPDNYWWFVKGVE GVTGIIMVVLMVIAFTLATPWFRRNKLNLPKPLKRLTGFNAFWYSHHLFIIVYTLLIV HGIKLYLTKKWYQKTTWMYLAVPMVLYACERLTRALRSSIEPVKILKVAVYPGNVLAL HMSKPQGFKYKSGQYMFVNCAAVSPFEWHPFSITSSPGDDYLSVHIRTLGDWTRQLKT VFSEVCQPAPAGKSGLLRAERENNSRGYVLFVFSFLIIHQ 这个是我找到的保守域的核苷酸：148-248 aa TKSAAAHALKGLKFITTKTGAAGNGWPAVEKRY NELAITTSDGLLHCSMFGECIGMNKESKEFAGELFRGLCRKHNISGDSINKAQLKEFWDQ ISDESFDS： 611-685 aa ILKVAVYPGNVLALHMSKPQGFKYKSGQYMFVNCAAVSPFEWHPFSITSSPGDDYLSVHI RTLGDWTRQLKTVFS 我想找到这个保守域氨基酸对应的原核苷酸中的位置，好设计引物！ |
回复此楼» 猜你喜欢
不合理蛙科研实验中的趣事：实验器材的 “乌龙”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验中的趣事：和实验材料的 “斗智斗勇”
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有100人回复
-
蛋白质检测：精准分析，解锁生物分子的密码
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之小鼠实验：严谨设计，解析生命机制的重要载体
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之重金属检测：精准筛查，守护健康与环境的防线
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“蛙测重金属我背锅三千”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“鼠逃三次我发三篇SCI”
已经有0人回复
-
纳米粒度分析
已经有3人回复
-
林科院林化所招收材料与化工专业硕士，坐标南京
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 多肽做LC-ESI-MS/MS后如何分析氨基酸序列
已经有8人回复
- 手上有几个氨基酸序列，如何分析其保守性？
已经有5人回复
- 从酶的氨基酸序列查找编码它的核苷酸序列的注册号（Accession No.)
已经有6人回复
- 知道蛋白氨基酸序列，如何克隆编码该蛋白的基因？
已经有7人回复
- 如何根据氨基酸改变找到对应的核苷酸改变？
已经有4人回复
- 拟南芥核基因编码蛋白，定位于叶绿体。已知氨基酸序列，怎么找到前导肽？
已经有6人回复
- 求助 关于把蛋白质的编码序列翻译成氨基酸序列的问题
已经有6人回复
- 在PDB数据库中，怎么查询不到酪蛋白的氨基酸序列呢？
已经有3人回复
- 怎么利用氨基酸序列模拟三级结构呢？
已经有5人回复
- 求将多条核酸序列转化为氨基酸序列的方法或软件使用过程
已经有6人回复
- 已知基因的氨基酸序列，怎么在NCBI上找到核苷酸序列啊~~
已经有9人回复
- 氨基酸还原成氨基醇
已经有22人回复
- 用什么软件可以讲基因序列和氨基酸序列上下对应排列，就像文献中的那种
已经有8人回复
- 有什么软件能够把核酸序列和氨基酸序列同时显示出来，见图
已经有5人回复
- DNAMAN拼接序列如何保存为线性序列？
已经有5人回复
- 氨基酸和核苷酸的序列比对问题
已经有8人回复
- 英文文章里克隆出的核苷酸序列和氨基酸序列的那个显示图用什么软件做的？
已经有4人回复
- 已知N端5个氨基酸，求高手找到整个蛋白序列？
已经有6人回复
- 上有核酸，下有氨基酸序列的图片如何做
已经有9人回复
- 已知核苷酸序列（cDNA序列），如何推算其氨基酸序列，同时让其显示在下方
已经有7人回复
- 有什么软件可以把多个核苷酸序列翻译成氨基酸的序列
已经有14人回复
- 核苷酸同源性高，但氨基酸没有同源性，有可能吗
已经有8人回复
- 急求序列结构分析
已经有9人回复
- 知道氨基酸序列，如何得知核苷酸序列
已经有5人回复
- 【求助/交流】请问，有没有谁知道，如何从NCBI上批量下载一类gene的核苷酸序列？
已经有13人回复
饿的神啊2楼2015-07-03 11:30:27
liuderong
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 310 (大学生)
- 金币: 8202.1
- 红花: 31
- 帖子: 582
- 在线: 142.1小时
- 虫号: 1882145
- 注册: 2012-07-07
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
饿的神啊: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 十分感谢！ 2015-07-03 14:53:39
感谢参与，应助指数 +1
饿的神啊: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 十分感谢！ 2015-07-03 14:53:39
| 用NCBI的blastX，http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... p;LINK_LOC=blasttab。query那个框（上面那个）粘贴所有的DNA序列，另一个粘贴蛋白，比对一下就知道了。 |
3楼2015-07-03 11:31:37
liuderong
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 310 (大学生)
- 金币: 8202.1
- 红花: 31
- 帖子: 582
- 在线: 142.1小时
- 虫号: 1882145
- 注册: 2012-07-07
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
4楼2015-07-03 11:36:17
饿的神啊
新虫 (著名写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 5982.7
- 散金: 122
- 帖子: 1004
- 在线: 66.3小时
- 虫号: 2477988
- 注册: 2013-05-23
- 性别: MM
- 专业: 植物病理学
5楼2015-07-03 14:54:37
10