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饿的神啊新虫 (著名写手)
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急求！核苷酸序列翻译成氨基酸后，怎么回到对应的核苷酸序列？ 已有2人参与
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下载了一段核苷酸序列，通过NCBI的ORF finder找了ORF，后来又比对找到了保守域，现在知道这个保守域的氨基酸序列，我想找到对应的最初的核苷酸序列应该怎么办呢？附上序列 最初的核苷酸序列 >Cs8g12000.3 transcript(len:3478) -964.74 CAGAAATGCATAGACATTTTAAAGAGATTAGACAGCCGCTAACTGTTTGATAATAATCTCTTTTTCTCCATGCAAATATATATCACTCAA AATTAGTAACATACGAGTAGTCTTTCAATTGACTGAAAATTCTTCATATTCATTCATTCATTCATTCAATTTCATGAAAAAAATGAGAAG CGAGGAGGGCAGAGGAGGCTATATTGAAAACAATTCAGATACTGAAAGTATTGGCAGTGACAAAAGCGCATTCAGCGGACCGCTTGCCAA TAAACGAGCTTCCAAGAAAAGCGCCCGGTTCAATCTTCCGCCAGAAGCAGCAGTCACAAGCAGCAGTAACAATAACGATGATGGTGGTTA TGTAGAGATCACACTGGACATACGTGATGACTCTGTCGCAGTTCACAGCGTTCAGGGCGCACTTCATCATGAAGATCCTGAGTTGTCACT GTTGGCCAAGAAGACTTTGGAGATTAATAATAAATCTTCATCATTTCGGTCGTCTTTGTTCAGAAACACTTCCTCGCATATCAAGCAGGT CTCTCAAGAGCTCAAACGCTTTGCTTCCTTGACACGGCGACCCAGCAGCAGGCGTTTTGATAGGACTAAATCCGCTGCAGCTCATGCTCT TAAAGGACTCAAGTTCATCACCACCAAGACGGGAGCTGCCGGAAATGGCTGGCCTGCCGTCGAGAAGCGGTATAACGAGCTCGCCATCAC GACCTCCGACGGCCTTCTTCATTGCTCGATGTTCGGCGAATGCATAGGGATGAACAAGGAGTCTAAAGAATTTGCGGGTGAGCTATTCCG AGGACTTTGTAGAAAGCATAATATAAGTGGTGATTCTATCAACAAAGCTCAGCTCAAGGAGTTTTGGGACCAGATTTCCGACGAGAGCTT TGACTCCAGGCTCCAAACTTTCTTTGACATGGTCGACACAGACGCTGATGGAAGAATCACTGAAGAAGAAGTCAAAGAGATTATTAGTCT GAGTGCTTCTGCAAACAAGCTCTCCAACATTCAGAAACAAGCAGAGGAATATGCAGCCATGATTATGGAAGAATTAGACCCTGACAATGC CGGATACATCATGATTCATAACCTGGAAACATTGTTGTTGCAAGCTCCAAATCAATCTGTAAGAGTAGGAGACAGTCGAATTCTGAGTCA AATGTTGAGCCAGAAGCTGAAGCCAACCCAAGAAAACAACCCATTACGAAAATGTTATCAGAAGATTAAGTACTTTTTGATGGATAATTG GCAAAGGGTTTGGATTATGCTGTTGTGGCTTGGAATTGTTGGGGGTTTATTTGCCTACAAGTTTGTGCAGTACCGAAACAAGGCTGCTTA TGATGTGATGGGCTATTGCGTTTGCATTGCTAAAGGAGGAGCAGAGACACTTAAATTCAACATGGCCTTGATATTATTACCAGTTTGCCG AAACACCATCACATGGCTCAGAAACAAAACTAAATTAGGACTTGTTGTCCCTTTCGATGACAACTTAAATTTCCATAAGGTGATCGCGGT TGGAATTGGGATTGGAGTTATATTACACGGCGGAGCTCATCTAACCTGTGATTTCCCGCGACTCCTCCACGCGACTGAAGAAGAATACGA GCCAATGAAGCCTTACTTTGGGGACGAGCAACCGGATAATTACTGGTGGTTTGTAAAGGGAGTTGAAGGAGTAACAGGGATCATAATGGT GGTGTTAATGGTGATAGCATTCACTTTGGCAACGCCTTGGTTCAGGCGCAACAAGCTCAATCTGCCAAAACCACTTAAAAGACTCACTGG ATTCAATGCCTTTTGGTACTCACATCATCTTTTCATCATTGTCTATACCCTTCTCATTGTCCATGGAATTAAACTCTATCTCACCAAGAA ATGGTATCAGAAGACGACATGGATGTATCTGGCTGTCCCGATGGTTCTTTATGCTTGTGAGAGATTGACTAGAGCTTTGAGATCAAGCAT CGAGCCTGTCAAGATTCTCAAGGTTGCTGTTTATCCTGGAAATGTCTTGGCATTACACATGTCAAAACCACAAGGCTTCAAATACAAGAG CGGACAGTACATGTTTGTAAATTGCGCTGCCGTCTCACCATTCGAATGGCATCCGTTTTCCATCACATCATCACCAGGAGATGACTACCT CAGCGTTCACATCCGAACTTTGGGCGATTGGACTAGGCAGCTTAAGACAGTTTTCTCTGAGGTTTGCCAGCCTGCACCTGCTGGGAAGAG CGGTCTTCTCAGAGCAGAAAGGGAAAATAACTCTCGAGGGTATGTATTATTTGTTTTTTCCTTTTTAATAATTCATCAATGAAATTAATG TAAAATATTTGACAGAATGTTGACATAGATAAGATAAGACAAATACCAATTTAATTACTTAACTAAAAAATAAAGTAAATCTCAACTAAT TTCGCTTATATTTCTGTTACCGTTCTATCAAGATTCTGTTTGTGTCTTTCTCCTTTTTTGAATTAAAATTTATATCTTGTGATGTAGCAG GTTTCCAAAGATATTAATAGACGGACCATATGGAGCACCAGCTCAAGACTATAAAAAATATGATGTAGTGCTACTAGTGGGGCTTGGAAT TGGGGCTACTCCCATGATCAGCATAGTCAAAGACATCATCAACAACATGAAATCAGAAGACAACAATTTAGAGTCAGGATTAACAGTAAA CAACAACAACAAGAATTCATCATTCAATACAAGAAAAGCATACTTCTATTGGGTGACAAGGGAACAAGGTTCATTCGAGTGGTTCAAAGG CATAATGAATGAGGTGGCGGAGATGGATGAGAAGAGGGTAATAGAATTACACAATTATTGCACAAGTGTGTACGAAGAAGGAGATGCCAG GTCAGCGCTTATAGCTATGCTTCAATCACTCCATCATGCAAAGAATGGTGTTGATGTTGTTTCTGGGACACGTGTCAAATCTCACTTTGC TAAGCCAAATTGGAGACAAGTTTACAAGAGGATTGCTCTTCATCATCCTGATTCTAGAATTGGAGTATTCTATTGCGGTGCACCCGCACT AACAAAGGAGCTAAGACAACTAGCCTCGGATTTCTCCCACAAGACTTCCACTAAGTTTGAATTTCATAAAGAAAATTTTTAAAATTAATT AATTTATAGCTTCATCAATTGATTAATAATATTATTCTTGAACTTGGAAAGTTTTTTCTTTCTTTAGAAAGGAAGGTCCTCGGACATTAG TAGCCACTTGCAAATAGAAAATACGTACACTCAAATGGTCTGACTTTTCTTTTCTCTTTTTTTAATCACCCTTTTAAAAAATAAAGAGAG TGATGCCCCTTCTAGTCTTCTAGAAGAGTTGTTCAGTTTTATAGATATTCCAAAGTCCAATCTTACAGCTGTTCAACGTATTGTGTAATT CAATTCTTTCTTAATTGTTGACTGAATTGAATATGTAATGTAAACATATTCAGAGCTC 这个是ORF >Cs8g12000.3 722aa NADPH-OX superfamily; EFh superfamily; EF-hand-7; Ferric-reduct superfamily; FNR-like superfamily MKKMRSEEGRGGYIENNSDTESIGSDKSAFSGPLANKRASKKSA RFNLPPEAAVTSSSNNNDDGGYVEITLDIRDDSVAVHSVQGALHHEDPELSLLAKKTL EINNKSSSFRSSLFRNTSSHIKQVSQELKRFASLTRRPSSRRFDRTKSAAAHALKGLK FITTKTGAAGNGWPAVEKRYNELAITTSDGLLHCSMFGECIGMNKESKEFAGELFRGL CRKHNISGDSINKAQLKEFWDQISDESFDSRLQTFFDMVDTDADGRITEEEVKEIISL SASANKLSNIQKQAEEYAAMIMEELDPDNAGYIMIHNLETLLLQAPNQSVRVGDSRIL SQMLSQKLKPTQENNPLRKCYQKIKYFLMDNWQRVWIMLLWLGIVGGLFAYKFVQYRN KAAYDVMGYCVCIAKGGAETLKFNMALILLPVCRNTITWLRNKTKLGLVVPFDDNLNF HKVIAVGIGIGVILHGGAHLTCDFPRLLHATEEEYEPMKPYFGDEQPDNYWWFVKGVE GVTGIIMVVLMVIAFTLATPWFRRNKLNLPKPLKRLTGFNAFWYSHHLFIIVYTLLIV HGIKLYLTKKWYQKTTWMYLAVPMVLYACERLTRALRSSIEPVKILKVAVYPGNVLAL HMSKPQGFKYKSGQYMFVNCAAVSPFEWHPFSITSSPGDDYLSVHIRTLGDWTRQLKT VFSEVCQPAPAGKSGLLRAERENNSRGYVLFVFSFLIIHQ 这个是我找到的保守域的核苷酸：148-248 aa TKSAAAHALKGLKFITTKTGAAGNGWPAVEKRY NELAITTSDGLLHCSMFGECIGMNKESKEFAGELFRGLCRKHNISGDSINKAQLKEFWDQ ISDESFDS： 611-685 aa ILKVAVYPGNVLALHMSKPQGFKYKSGQYMFVNCAAVSPFEWHPFSITSSPGDDYLSVHI RTLGDWTRQLKTVFS 我想找到这个保守域氨基酸对应的原核苷酸中的位置，好设计引物！ |
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饿的神啊2楼2015-07-03 11:30:27
liuderong
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| 用NCBI的blastX，http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... p;LINK_LOC=blasttab。query那个框（上面那个）粘贴所有的DNA序列，另一个粘贴蛋白，比对一下就知道了。 |
3楼2015-07-03 11:31:37
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