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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 拟南芥核基因编码蛋白，定位于叶绿体。已知氨基酸序列，怎么找到前导肽？
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shuihaizi

金虫 (小有名气)

[求助] 拟南芥核基因编码蛋白，定位于叶绿体。已知氨基酸序列，怎么找到前导肽？已有1人参与

拟南芥数据库，已知基因编号，里面有很多注释，但是看不懂。

我想体外表达目的蛋白（核基因编码，定位于叶绿体），应该用cDNA序列作为模板？但是不知道哪里是起始密码子，哪里是终止密码子？

氨基酸序列是否包含定位到叶绿体的前导肽？

为什么氨基酸序列的长度与cDNA的核酸序列长度对不上？

本人是做原核生物的，有很多问题不太清楚，请各位大侠帮助！！
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1楼2014-07-16 21:20:04
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
shuihaizi(西门吹雪170代发): 金币+5, 鼓励回帖交流 2014-07-17 12:24:53
shuihaizi: 金币+20, ★★★很有帮助 2014-07-17 16:20:27
1.体外表达是没有剪接机制的，要用CDS。
2.我估计你到拟南芥数据库里下载的cDNA是和RNA对应的序列，这种序列虽然没有内含子，但是有3‘和5’-UTR，所以长度和氨基酸长度对应不上，你要从这段序列中找到CDS（氨基酸编码序列）。
3.你可以到NCBI里，拿你的蛋白序列和cDNA序列做比对，用blastx，一下就出结果了。或者从3个位置翻译你的cDNA，总有一个是对的，然后找出起始位点。再或者把基因编号贴出来，论坛里很多人都会找的。
4.网站提供的序列一般都是全长，从起始密码到终止密码子，里头包含了前导肽。
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2楼2014-07-17 09:24:14
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shuihaizi

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2014-07-17 09:24:14
1.体外表达是没有剪接机制的，要用CDS。
2.我估计你到拟南芥数据库里下载的cDNA是和RNA对应的序列，这种序列虽然没有内含子，但是有3‘和5’-UTR，所以长度和氨基酸长度对应不上，你要从这段序列中找到CDS（氨基酸 ...

你好，谢谢你！我完全是个外行。
另外，还有个问题：
我在拟南芥数据库中能够直接找到CDS序列，与氨基酸序列长度对得上，符合你的说法。

那么，CDS序列中包含前导肽吗？

我的这个蛋白确定为基因组编码，到叶绿体工作，那么怎么找到它的前导肽？谢谢！
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3楼2014-07-17 16:23:07
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-07-26 22:15:00
引用回帖:
3楼: Originally posted by shuihaizi at 2014-07-17 16:23:07
你好，谢谢你！我完全是个外行。
另外，还有个问题：
我在拟南芥数据库中能够直接找到CDS序列，与氨基酸序列长度对得上，符合你的说法。

那么，CDS序列中包含前导肽吗？

我的这个蛋白确定为基因组编码，到 ...

CDS编码成蛋白后是带有前导肽的。如果要知道前导肽，最直接并且最有效的办法就是看看其他人的研究，说不定有人做了相关的研究（照我的经验一般都不会有人做这类研究的，要运气很好才能碰到）。大部分人都是利用网站上的一些工具预测前导肽，http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/和http://smart.embl-heidelberg.de/smart/set_mode.cgi?NORMAL=1都可以试试
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4楼2014-07-17 20:47:31
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shuihaizi

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by liuderong at 2014-07-17 20:47:31
CDS编码成蛋白后是带有前导肽的。如果要知道前导肽，最直接并且最有效的办法就是看看其他人的研究，说不定有人做了相关的研究（照我的经验一般都不会有人做这类研究的，要运气很好才能碰到）。大部分人都是利用网站 ...

这个蛋白，功能未知，所以估计查不到相关文献。

我是做原核生物的，想用高等植物的同源基因来回补原核生物里面缺失的目的基因，看功能能否得到回复。看看在原核生物和高等植物中这两个同源基因是不是具备相同的功能。

所以，想在原核生物里面过表达高等植物的基因，感觉应该去掉前导肽。你觉得有必要吗？

如果前导肽不影响蛋白的功能，那么就带着前导肽一起在原核生物里面过表达，是不是也可以？

谢谢！
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5楼2014-07-17 21:31:38
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★
shuihaizi(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励回帖交流 2014-07-18 10:30:29
引用回帖:
5楼: Originally posted by shuihaizi at 2014-07-17 21:31:38
这个蛋白，功能未知，所以估计查不到相关文献。

我是做原核生物的，想用高等植物的同源基因来回补原核生物里面缺失的目的基因，看功能能否得到回复。看看在原核生物和高等植物中这两个同源基因是不是具备相同的 ...

这个还真不好说！理论上蛋白实现功能的时候是要切掉信号肽的，但就如你说的这个蛋白的相关研究很少，没有人敢说这段信号肽对蛋白功能有什么影响，说不定它会影响蛋白的正确折叠什么的。做细菌转基因周期比较短，你看可不可以同时尝试切掉信号肽和保留信号肽的，这样保险一些。顺便问一下，还有你们在细菌中表达植物基因，选用的是什么启动子啊？
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6楼2014-07-18 08:48:50
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shuihaizi

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by liuderong at 2014-07-18 08:48:50
这个还真不好说！理论上蛋白实现功能的时候是要切掉信号肽的，但就如你说的这个蛋白的相关研究很少，没有人敢说这段信号肽对蛋白功能有什么影响，说不定它会影响蛋白的正确折叠什么的。做细菌转基因周期比较短，你 ...

我不是在细菌中表达植物基因，是在蓝藻细胞里面，用的是蓝藻的一个启动子，但效果不是很好（蓝藻外源表达现在还不成熟），就是将就着用。

另外，关于前导肽我已经解决，和你分享一下。我表达的是拟南芥的基因。在拟南芥的数据库里面，有个PPDB数据库，专门预测前导肽的位置，然后从CDS序列中去掉编码的前导肽即可。

谢谢你的交流，非常感谢！
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7楼2014-07-18 21:36:58
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