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shuihaizi

金虫 (小有名气)

[求助] 拟南芥核基因编码蛋白，定位于叶绿体。已知氨基酸序列，怎么找到前导肽？ 已有1人参与

拟南芥数据库，已知基因编号，里面有很多注释，但是看不懂。

我想体外表达目的蛋白（核基因编码，定位于叶绿体），应该用cDNA序列作为模板？但是不知道哪里是起始密码子，哪里是终止密码子？

氨基酸序列是否包含定位到叶绿体的前导肽？

为什么氨基酸序列的长度与cDNA的核酸序列长度对不上？

本人是做原核生物的，有很多问题不太清楚，请各位大侠帮助！！
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1楼 2014-07-16 21:20:04
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shuihaizi

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by liuderong at 2014-07-18 08:48:50
这个还真不好说！理论上蛋白实现功能的时候是要切掉信号肽的，但就如你说的这个蛋白的相关研究很少，没有人敢说这段信号肽对蛋白功能有什么影响，说不定它会影响蛋白的正确折叠什么的。做细菌转基因周期比较短，你 ...

我不是在细菌中表达植物基因，是在蓝藻细胞里面，用的是蓝藻的一个启动子，但效果不是很好（蓝藻外源表达现在还不成熟），就是将就着用。

另外，关于前导肽我已经解决，和你分享一下。我表达的是拟南芥的基因。在拟南芥的数据库里面，有个PPDB数据库，专门预测前导肽的位置，然后从CDS序列中去掉编码的前导肽即可。

谢谢你的交流，非常感谢！
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7楼2014-07-18 21:36:58
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
shuihaizi(西门吹雪170代发): 金币+5, 鼓励回帖交流 2014-07-17 12:24:53
shuihaizi: 金币+20, ★★★很有帮助 2014-07-17 16:20:27
1.体外表达是没有剪接机制的，要用CDS。
2.我估计你到拟南芥数据库里下载的cDNA是和RNA对应的序列，这种序列虽然没有内含子，但是有3‘和5’-UTR，所以长度和氨基酸长度对应不上，你要从这段序列中找到CDS（氨基酸编码序列）。
3.你可以到NCBI里，拿你的蛋白序列和cDNA序列做比对，用blastx，一下就出结果了。或者从3个位置翻译你的cDNA，总有一个是对的，然后找出起始位点。再或者把基因编号贴出来，论坛里很多人都会找的。
4.网站提供的序列一般都是全长，从起始密码到终止密码子，里头包含了前导肽。
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2楼2014-07-17 09:24:14
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shuihaizi

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2014-07-17 09:24:14
1.体外表达是没有剪接机制的，要用CDS。
2.我估计你到拟南芥数据库里下载的cDNA是和RNA对应的序列，这种序列虽然没有内含子，但是有3‘和5’-UTR，所以长度和氨基酸长度对应不上，你要从这段序列中找到CDS（氨基酸 ...

你好，谢谢你！我完全是个外行。
另外，还有个问题：
我在拟南芥数据库中能够直接找到CDS序列，与氨基酸序列长度对得上，符合你的说法。

那么，CDS序列中包含前导肽吗？

我的这个蛋白确定为基因组编码，到叶绿体工作，那么怎么找到它的前导肽？谢谢！
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3楼2014-07-17 16:23:07
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-07-26 22:15:00
引用回帖:
3楼: Originally posted by shuihaizi at 2014-07-17 16:23:07
你好，谢谢你！我完全是个外行。
另外，还有个问题：
我在拟南芥数据库中能够直接找到CDS序列，与氨基酸序列长度对得上，符合你的说法。

那么，CDS序列中包含前导肽吗？

我的这个蛋白确定为基因组编码，到 ...

CDS编码成蛋白后是带有前导肽的。如果要知道前导肽，最直接并且最有效的办法就是看看其他人的研究，说不定有人做了相关的研究（照我的经验一般都不会有人做这类研究的，要运气很好才能碰到）。大部分人都是利用网站上的一些工具预测前导肽，http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/和http://smart.embl-heidelberg.de/smart/set_mode.cgi?NORMAL=1都可以试试
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4楼2014-07-17 20:47:31
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