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拟南芥核基因编码蛋白，定位于叶绿体。已知氨基酸序列，怎么找到前导肽？已有1人参与
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拟南芥数据库，已知基因编号，里面有很多注释，但是看不懂。 我想体外表达目的蛋白（核基因编码，定位于叶绿体），应该用cDNA序列作为模板？但是不知道哪里是起始密码子，哪里是终止密码子？ 氨基酸序列是否包含定位到叶绿体的前导肽？ 为什么氨基酸序列的长度与cDNA的核酸序列长度对不上？ 本人是做原核生物的，有很多问题不太清楚，请各位大侠帮助！！ |
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5楼2014-07-17 21:31:38
liuderong
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【答案】应助回帖
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1.体外表达是没有剪接机制的，要用CDS。 2.我估计你到拟南芥数据库里下载的cDNA是和RNA对应的序列，这种序列虽然没有内含子，但是有3‘和5’-UTR，所以长度和氨基酸长度对应不上，你要从这段序列中找到CDS（氨基酸编码序列）。 3.你可以到NCBI里，拿你的蛋白序列和cDNA序列做比对，用blastx，一下就出结果了。或者从3个位置翻译你的cDNA，总有一个是对的，然后找出起始位点。再或者把基因编号贴出来，论坛里很多人都会找的。 4.网站提供的序列一般都是全长，从起始密码到终止密码子，里头包含了前导肽。 |
2楼2014-07-17 09:24:14
3楼2014-07-17 16:23:07
liuderong
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CDS编码成蛋白后是带有前导肽的。如果要知道前导肽，最直接并且最有效的办法就是看看其他人的研究，说不定有人做了相关的研究（照我的经验一般都不会有人做这类研究的，要运气很好才能碰到）。大部分人都是利用网站上的一些工具预测前导肽，http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/和http://smart.embl-heidelberg.de/smart/set_mode.cgi?NORMAL=1都可以试试 |
4楼2014-07-17 20:47:31