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rola234

新虫 (小有名气)

[求助] PCR扩增没有结果,求教是引物Tm值相差太大,还是模板GC含量太高? 已有8人参与

这两天通过PCR扩增一个基因,基因本身比较长,大约1800bp左右,这个基因序列的GC含量为66%,总体上看还算正常,但当中有三四个区段的GC含量特别特别高,就是出现连续几十个甚至上百个GC碱基这样的序列,我设计的上游引物Tm之大约50.6℃,下游引物引物带入了一个NotI酶切位点,因此Tm值达到了66.8℃,两个引物的Tm值相差得有点大,今天试着做了一次PCR,但没有结果,我将退火温度从50℃到65℃做了一个梯度,但P了10管,都没有结果,非特异性扩增也几乎没有,只有最下面有一些引物二聚体。我确信我没有加错或者漏加东西,而且琼脂糖电泳也没有问题,就不太清楚到底是什么导致了PCR扩增没有结果,考虑来考虑去,觉得只有引物和模板的问题比较大,但不确定问题到底出在哪,求教小木虫上的各位高手了!
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我可以走得很慢,但我不会后退!
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hanyu426980

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
首先你两个引物退火温度相差太大了,最好不要超过5度,1800bp不算太长,如果GC含量高,可以尝试buffer选用高GC的,
5楼2015-07-02 10:34:51
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rola234

新虫 (小有名气)

另外我的PCR体系是20微升的,95度预变性5min,每轮循环95度变性1min,退火按温度梯度进行1.5min,延伸2min,跑30个循环。
我可以走得很慢,但我不会后退!
2楼2015-07-01 21:46:13
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rola234

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 易水秋寒 at 2015-07-02 09:32:38
用的什么酶呢?

就是普通的热稳定taq酶,百斯凯公司买的,buffer也是配套的,72℃延伸
我可以走得很慢,但我不会后退!
4楼2015-07-02 09:40:29
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rola234

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by hanyu426980 at 2015-07-02 10:34:51
首先你两个引物退火温度相差太大了,最好不要超过5度,1800bp不算太长,如果GC含量高,可以尝试buffer选用高GC的,

引物设计的时候有考虑到这个问题,但师兄跟我说没事,PCR的条件总体还是很宽泛的,我也就没想那么多,随便PP应该有结果,但事与愿违。我现在在考虑将其中那个Tm值较低的引物的5'端引入一些没有意义的GC碱基,来平衡两个引物的Tm值
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6楼2015-07-02 10:46:43
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