应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » vasp成功安装后运行时出现Segmentation fault (signal 11)错误，求指教
51/1返回列表
查看: 5295  |  回复: 15
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

solarman

新虫 (正式写手)

[求助] vasp成功安装后运行时出现Segmentation fault (signal 11)错误，求指教 已有3人参与

vasp并行安装成功，cpu是xeon 2630v3×2，64G内存，机器上同时安装了mpich2和openmpi，但which mpif90后显示：/opt/software/mpich2-intel/bin/mpif90
同样，which mpirun后显示：/opt/software/mpich2-intel/bin/mpirun
表明实际使用的mpi是mpich2的。
同时还安装了fftw库。

运行了数个vasp作业，均出现以下信息：
=====================================================================================
=   BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES
=   EXIT CODE: 11
=   CLEANING UP REMAINING PROCESSES
=   YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGES
=====================================================================================
APPLICATION TERMINATED WITH THE EXIT STRING: Segmentation fault (signal 11)

将makefile的设置贴出来，请大家帮忙看看，究竟是哪里出了问题？多谢了！
SUFFIX=.f90
FC=mpif90
FCL=$(FC)
CPP_ =  ./preprocess <$*.F | /usr/bin/cpp -P -C -traditional >$*$(SUFFIX)
CPP    = $(CPP_) -DMPI  -DHOST=\"LinuxIFC\" -DIFC \
     -DCACHE_SIZE=12000 -DPGF90 -Davoidalloc -DNGZhalf \
     -DMPI_BLOCK=8000 -Duse_collectiveK
FFLAGS =  -FR -names lowercase -assume byterecl
OFLAG=-O2 -ip
OFLAG_HIGH = $(OFLAG)
OBJ_HIGH =
OBJ_NOOPT =
DEBUG  = -FR -O0
INLINE = $(OFLAG)
MKLROOT=/opt/intel/icc/composer_xe_2013.3.163/mkl
MKL_PATH=$(MKLROOT)/lib/intel64
IFC_LIB_PATH=/opt/intel/icc/composer_xe_2013.3.163/compiler/lib/intel64
BLAS=-L$(MKL_PATH) -lmkl_intel_lp64 -lmkl_blacs_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -liomp5 -lpthread -lmkl_lapack95_lp64
LAPACK= $(MKL_PATH)/libmkl_intel_lp64.a
LIB  = -L../vasp.5.lib -ldmy \
     ../vasp.5.lib/linpack_double.o $(LAPACK) \
     $(BLAS)
LINK =
FFT3D   = fftmpiw.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o /opt/mathlib/fftw-3.3.3/lib/libfftw3.a
INCS = -I/opt/intel/icc/composer_xe_2013.3.163/mkl/include/fftw
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

VASP

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-06-20 10:30:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
★ ★ ★ ★
solarman(ben_ladeng代发): 金币+4, 辛苦了 2015-06-22 08:41:24
引用回帖:
6楼: Originally posted by solarman at 2015-06-20 16:10:21
谢谢楼上两位，我在编译时和运行时都加入了mpif90或mpirun的全路径，但最后结果还是如此。我想应该不是环境变量的问题（其实各种环境PATH我都已经在.bashrc中export了），我想知道是否是makefile中的并行编译参数不 ...

就是这个问题，请不要两者都写到.bashrc下面
你可以这样（为了方便我只是简单表示），本来如果是这样的形式：
export OPENMPI_PATH
export MPICH_PATH
你可以改写一下，如使用OPENMPI的时候
export OPENMPI_PATH
#export MPICH_PATH
之后重新source ~/.bashrc

而使用MPICH的时候
#export OPENMPI_PATH
export MPICH_PATH
之后重新source ~/.bashrc

或者索性把bashrc这两条都删了，然后在~/下面建立两个sh文件，比如openmpi.sh和mpich.sh，把两条分别加入其中，使用的时候source一下，或者索性就直接手工export
赞一下(1人) 回复此楼
不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
8楼2015-06-20 16:59:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 16 个回答

wmy8802217

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
ben_ladeng: 金币+1, 辛苦了 2015-06-22 08:40:55
运行前试试 ulimit -s unlimited
赞一下(1人) 回复此楼
凝聚态理论与计算物理
2楼2015-06-20 11:15:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

solarman

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wmy8802217 at 2015-06-20 11:15:45
运行前试试 ulimit -s unlimited

运行ulimit -a unlimited后，显示
core file size          (blocks, -c) 0
data seg size           (kbytes, -d) unlimited
scheduling priority             (-e) 0
file size               (blocks, -f) unlimited
pending signals                 (-i) 257702
max locked memory       (kbytes, -l) 64
max memory size         (kbytes, -m) unlimited
open files                      (-n) 1024
pipe size            (512 bytes, -p) 8
POSIX message queues     (bytes, -q) 819200
real-time priority              (-r) 0
stack size              (kbytes, -s) unlimited
cpu time               (seconds, -t) unlimited
max user processes              (-u) 1024
virtual memory          (kbytes, -v) unlimited
file locks                      (-x) unlimited
可以看到cpu时间和运行内存都是不受限的，是否存在其他原因？
赞一下 回复此楼
3楼2015-06-20 12:38:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wmy8802217

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
solarman: 金币+2 2015-06-20 19:35:58
你用哪个mpi编译，就用哪个mpi mpirun，编译和运行的时候mpif90和mpirun最好都带上绝对地址。如果还不行的话，找个虚拟机编译一下，然后传上去运行
赞一下 回复此楼
凝聚态理论与计算物理
4楼2015-06-20 13:21:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 16 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿西北工业大学289 085602 +31 yang婷 2026-04-10 32/1600 2026-04-11 10:13 by only周
[考研] 085402通信工程调剂，有4项学科竞赛国奖（电赛国二），硕士研究生调剂自荐信。 +5 m永o不v言o弃m 2026-04-09 5/250 2026-04-11 09:33 by zhq0425
[考研] 本科211 工科085400 280分求调剂 可跨专业 +11 LZH（等待调剂中 2026-04-10 11/550 2026-04-11 08:39 by zhq0425
[考研] 265求调剂 +12 风说她早忘了 2026-04-10 13/650 2026-04-10 18:56 by chemisry
[考研] 362求调剂 +10 我要考大 2026-04-06 14/700 2026-04-10 17:00 by luoyongfeng
[考研] 298求调剂 +13 钉叮咚冬瓜 2026-04-09 13/650 2026-04-10 15:49 by jiajinhpu
[考研] 考研二轮调剂 +8 故人?? 2026-04-09 8/400 2026-04-10 09:44 by 青梅duoduo
[考研] 316求调剂 +3 想读研究生( ?∵ 2026-04-07 3/150 2026-04-09 17:31 by wp06
[考研] 一志愿武理车辆 281 求调剂 +5 上岸研究生. 2026-04-07 5/250 2026-04-09 15:56 by only周
[考研] 334求调剂 +16 Riot2025 2026-04-08 17/850 2026-04-09 09:28 by wdyheheeh
[考研] 求调剂 +7 chenxrlkx 2026-04-05 9/450 2026-04-09 09:04 by wj165256
[考研] 求调剂 +13 柒luck 2026-04-07 13/650 2026-04-08 22:46 by 猪会飞
[考研] 270求调剂 +3 031127 2026-04-06 4/200 2026-04-08 21:00 by 逆水乘风
[考研] 求调剂 +9 月@163.com 2026-04-07 11/550 2026-04-08 14:48 by qlm5820
[考研] 304求调剂 +16 c297914 2026-04-05 17/850 2026-04-08 13:00 by grayjzr
[考研] 计算机408｜在校多次国家级竞赛获奖｜申请调剂 +4 东山大白鹅 2026-04-05 4/200 2026-04-08 00:18 by chongya
[考研] 22408 一志愿双一流人工智能300分 四六级，数据分析国奖 +4 zzfeng123 2026-04-06 6/300 2026-04-07 21:02 by zzfeng123
[考研] 工科370求调剂 +3 溏心煎鸡蛋 2026-04-05 3/150 2026-04-06 10:55 by 这是一个无聊的�
[考研] 22408 总分320，一篇论文二作，两个国三，求调剂 +3 Leomulufu 2026-04-04 5/250 2026-04-05 19:04 by chongya
[考研] 341求调剂 +3 学无止境，冲 2026-04-05 3/150 2026-04-05 09:40 by lbsjt
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭