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solarman

新虫 (正式写手)

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[求助] vasp成功安装后运行时出现Segmentation fault (signal 11)错误，求指教已有3人参与

vasp并行安装成功，cpu是xeon 2630v3×2，64G内存，机器上同时安装了mpich2和openmpi，但which mpif90后显示：/opt/software/mpich2-intel/bin/mpif90
同样，which mpirun后显示：/opt/software/mpich2-intel/bin/mpirun
表明实际使用的mpi是mpich2的。
同时还安装了fftw库。

运行了数个vasp作业，均出现以下信息：
=====================================================================================
= BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES
= EXIT CODE: 11
= CLEANING UP REMAINING PROCESSES
= YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGES
=====================================================================================
APPLICATION TERMINATED WITH THE EXIT STRING: Segmentation fault (signal 11)

将makefile的设置贴出来，请大家帮忙看看，究竟是哪里出了问题？多谢了！
SUFFIX=.f90
FC=mpif90
FCL=$(FC)
CPP_ =  ./preprocess <$*.F | /usr/bin/cpp -P -C -traditional >$*$(SUFFIX)
CPP = $(CPP_) -DMPI  -DHOST=\"LinuxIFC\" -DIFC \
   -DCACHE_SIZE=12000 -DPGF90 -Davoidalloc -DNGZhalf \
   -DMPI_BLOCK=8000 -Duse_collectiveK
FFLAGS =  -FR -names lowercase -assume byterecl
OFLAG=-O2 -ip
OFLAG_HIGH = $(OFLAG)
OBJ_HIGH =
OBJ_NOOPT =
DEBUG  = -FR -O0
INLINE = $(OFLAG)
MKLROOT=/opt/intel/icc/composer_xe_2013.3.163/mkl
MKL_PATH=$(MKLROOT)/lib/intel64
IFC_LIB_PATH=/opt/intel/icc/composer_xe_2013.3.163/compiler/lib/intel64
BLAS=-L$(MKL_PATH) -lmkl_intel_lp64 -lmkl_blacs_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -liomp5 -lpthread -lmkl_lapack95_lp64
LAPACK= $(MKL_PATH)/libmkl_intel_lp64.a
LIB  = -L../vasp.5.lib -ldmy \
   ../vasp.5.lib/linpack_double.o $(LAPACK) \
   $(BLAS)
LINK =
FFT3D = fftmpiw.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o /opt/mathlib/fftw-3.3.3/lib/libfftw3.a
INCS = -I/opt/intel/icc/composer_xe_2013.3.163/mkl/include/fftw

回复此楼

1楼 2015-06-20 10:30:20

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solarman

新虫 (正式写手)

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引用回帖:

2楼: Originally posted by wmy8802217 at 2015-06-20 11:15:45
运行前试试 ulimit -s unlimited

运行ulimit -a unlimited后，显示
core file size       (blocks, -c) 0
data seg size          (kbytes, -d) unlimited
scheduling priority          (-e) 0
file size             (blocks, -f) unlimited
pending signals                (-i) 257702
max locked memory    (kbytes, -l) 64
max memory size       (kbytes, -m) unlimited
open files                   (-n) 1024
pipe size          (512 bytes, -p) 8
POSIX message queues    (bytes, -q) 819200
real-time priority             (-r) 0
stack size             (kbytes, -s) unlimited
cpu time             (seconds, -t) unlimited
max user processes             (-u) 1024
virtual memory       (kbytes, -v) unlimited
file locks                   (-x) unlimited
可以看到cpu时间和运行内存都是不受限的，是否存在其他原因？