24小时热门版块排行榜    

查看: 5647  |  回复: 15
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

solarman

新虫 (正式写手)

[求助] vasp成功安装后运行时出现Segmentation fault (signal 11)错误,求指教 已有3人参与

vasp并行安装成功,cpu是xeon 2630v3×2,64G内存,机器上同时安装了mpich2和openmpi,但which mpif90后显示:/opt/software/mpich2-intel/bin/mpif90
同样,which mpirun后显示:/opt/software/mpich2-intel/bin/mpirun
表明实际使用的mpi是mpich2的。
同时还安装了fftw库。

运行了数个vasp作业,均出现以下信息:
=====================================================================================
=   BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES
=   EXIT CODE: 11
=   CLEANING UP REMAINING PROCESSES
=   YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGES
=====================================================================================
APPLICATION TERMINATED WITH THE EXIT STRING: Segmentation fault (signal 11)

将makefile的设置贴出来,请大家帮忙看看,究竟是哪里出了问题?多谢了!
SUFFIX=.f90
FC=mpif90
FCL=$(FC)
CPP_ =  ./preprocess <$*.F | /usr/bin/cpp -P -C -traditional >$*$(SUFFIX)
CPP    = $(CPP_) -DMPI  -DHOST=\"LinuxIFC\" -DIFC \
     -DCACHE_SIZE=12000 -DPGF90 -Davoidalloc -DNGZhalf \
     -DMPI_BLOCK=8000 -Duse_collectiveK
FFLAGS =  -FR -names lowercase -assume byterecl
OFLAG=-O2 -ip
OFLAG_HIGH = $(OFLAG)
OBJ_HIGH =
OBJ_NOOPT =
DEBUG  = -FR -O0
INLINE = $(OFLAG)
MKLROOT=/opt/intel/icc/composer_xe_2013.3.163/mkl
MKL_PATH=$(MKLROOT)/lib/intel64
IFC_LIB_PATH=/opt/intel/icc/composer_xe_2013.3.163/compiler/lib/intel64
BLAS=-L$(MKL_PATH) -lmkl_intel_lp64 -lmkl_blacs_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -liomp5 -lpthread -lmkl_lapack95_lp64
LAPACK= $(MKL_PATH)/libmkl_intel_lp64.a
LIB  = -L../vasp.5.lib -ldmy \
     ../vasp.5.lib/linpack_double.o $(LAPACK) \
     $(BLAS)
LINK =
FFT3D   = fftmpiw.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o /opt/mathlib/fftw-3.3.3/lib/libfftw3.a
INCS = -I/opt/intel/icc/composer_xe_2013.3.163/mkl/include/fftw
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

VASP

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

solarman

新虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-06-20 14:27:27
说白了就是环境变量没设置好,如果遇到多个mpi和编译器非常建议不要全都写在bashrc或profile下面,可以都写成一般的脚本,需要用哪个就source哪个。或者手工输入export PATH

谢谢楼上两位,我在编译时和运行时都加入了mpif90或mpirun的全路径,但最后结果还是如此。我想应该不是环境变量的问题(其实各种环境PATH我都已经在.bashrc中export了),我想知道是否是makefile中的并行编译参数不对?
6楼2015-06-20 16:10:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 16 个回答

wmy8802217

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
ben_ladeng: 金币+1, 辛苦了 2015-06-22 08:40:55
运行前试试 ulimit -s unlimited
凝聚态理论与计算物理
2楼2015-06-20 11:15:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

solarman

新虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wmy8802217 at 2015-06-20 11:15:45
运行前试试 ulimit -s unlimited

运行ulimit -a unlimited后,显示
core file size          (blocks, -c) 0
data seg size           (kbytes, -d) unlimited
scheduling priority             (-e) 0
file size               (blocks, -f) unlimited
pending signals                 (-i) 257702
max locked memory       (kbytes, -l) 64
max memory size         (kbytes, -m) unlimited
open files                      (-n) 1024
pipe size            (512 bytes, -p) 8
POSIX message queues     (bytes, -q) 819200
real-time priority              (-r) 0
stack size              (kbytes, -s) unlimited
cpu time               (seconds, -t) unlimited
max user processes              (-u) 1024
virtual memory          (kbytes, -v) unlimited
file locks                      (-x) unlimited
可以看到cpu时间和运行内存都是不受限的,是否存在其他原因?
3楼2015-06-20 12:38:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wmy8802217

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
solarman: 金币+2 2015-06-20 19:35:58
你用哪个mpi编译,就用哪个mpi mpirun,编译和运行的时候mpif90和mpirun最好都带上绝对地址。如果还不行的话,找个虚拟机编译一下,然后传上去运行
凝聚态理论与计算物理
4楼2015-06-20 13:21:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] filecode +7 cratir 2026-08-14 11/550 2026-08-15 06:19 by 学员8dgXkO
[考博] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 k0dTPqJtl0jt 2026-08-14 5/250 2026-08-15 04:45 by 4wMiSEwB6436
[找工作] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 k0dTPqJtl0jt 2026-08-14 4/200 2026-08-15 02:21 by 4wMiSEwB6436
[基金申请] 各位道友,我要去昆明玩几天,回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 7lpolszZVXgi 2026-08-14 4/200 2026-08-15 01:08 by 4wMiSEwB6436
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 HFw0lei2R37i 2026-08-14 8/400 2026-08-15 00:16 by 4wMiSEwB6436
[教师之家] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 HFw0lei2R37i 2026-08-14 5/250 2026-08-14 22:32 by 4wMiSEwB6436
[基金申请] 我的国基提前知道中了,可是同事的操作让我实在接受不了,怎么会有这样的人 +10 家与远方 2026-08-10 15/750 2026-08-14 02:08 by 绵羊哥哥
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +9 majunge000 2026-08-10 12/600 2026-08-13 23:20 by iwuli
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] Filecode 又变了,巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 结合人工智能,周易传统文化,filecode打分制来了,3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分? +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] 确定了,国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
[基金申请] 关于filecode,很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
信息提示
请填处理意见