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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 批量修改序列名字
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生物蚂蚁

新虫 (初入文坛)

[求助] 批量修改序列名字 已有2人参与

各位，好！
我想批量修改序列的名字，请问应该怎么做，最好使用perl。序列名字大体如下：
>Mt3708298.1 Afjjgjgkkfjgorgjo
AAAAAAAAAAAAAAAAATTTTTTTTTTTT

>Mt3708398.1 bvykyjgdjspskgjs
CGATGCGCGCGCGAATATATAGCGTAGACTAGATC


我想改成：
>Mt3708298.1
>Mt3708398.1
也就是说，只要序列名字的前几位，应该怎么写脚本呢？谢谢！
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1楼 2015-05-20 12:15:33
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生物蚂蚁

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by liuderong at 2015-05-21 19:23:48
if(/(^>.*?) /){   这一行换成
if(/(^>.*?)\t/){      或者     if(/(^>.*?)\s/){


你可以试一下

谢谢
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7楼2015-05-22 19:02:27
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+2, thanks for helping, but there is an error in your codes 2015-05-21 08:06:12
wizardfan: sorry, no error. my mistake, forget that you do not chomp 2015-05-21 08:08:14
生物蚂蚁: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2015-05-23 11:03:16
#!/usr/bin/perl -w
open IN,"....";#"...."位置换成初始文件的路径
open OUT,"...";#"..."位置换成你想保存结果的文件路径
while(<IN>{
   if(/(^>.*?) /){
      print OUT "$1\n";
   }else{
      print OUT "$_";
   }
}
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2楼2015-05-20 14:28:51
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

“>Mt3708398.1”和“bvykyjgdjspskgjs”之间是空格键才能用上面的代码，要是是其他就换成其他。
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3楼2015-05-20 14:30:05
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生物蚂蚁

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by liuderong at 2015-05-20 14:30:05
“>Mt3708398.1”和“bvykyjgdjspskgjs”之间是空格键才能用上面的代码，要是是其他就换成其他。

谢谢你！
“>Mt3708398.1”和“bvykyjgdjspskgjs”之间是tab键入可以吗？
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4楼2015-05-21 19:11:50
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