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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 关于uniprot的批量序列下载
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ValYu

银虫 (小有名气)

[求助] 关于uniprot的批量序列下载

我想从uniprot上批量下载400多个kinase的protein kinase domain，手工操作太麻烦且容易出错，网站自身又没有批处理功能，怎样能够实现这样的程序化批量下载呢？是不是要编写什么网页脚本？求大神指教！如回答的好我会继续加金币的！

[ 来自科研家族 化学生物学 ]
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生命灿烂，精神永恒
1楼 2013-04-19 16:11:03
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547star

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+2, BLAST也是个可行的思路 2013-04-20 08:21:40
ValYu: 金币+5, ★有帮助 2013-04-21 09:20:25
坐等高手。
如果是我，会选择做BLAST，把blast结果下载，其中的fasta格式基本满足我的需要，想需要多的序列，BLAST的时候先设置一下参数。可以参考刚做的结果： http://www.uniprot.org/blast/uniprot/201304196009B639SI.* 或 http://www.uniprot.org/blast/uni ... e=yes&limit=250
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为什么
2楼2013-04-19 21:54:23
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
silicare: 金币+5, 应助指数+1, 可行，不过这个工程太浩大了，做到精确下载有难度 2013-04-20 08:46:56
ValYu: 金币+5, ★有帮助 2013-04-21 09:20:36
去ftp网站上下载你所需物种的全部蛋白质FASTA序列，然后写了perl或者其他啥的，只要描述行里有kinase的就保留。
不过你到底要的是domain，还是整个蛋白？如果是domain的话，就不能光下载FASTA文件，而是要下载DAT文件了。
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3楼2013-04-20 08:20:25
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帘外飞雪

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+2, 谢谢参与，不过这个效率不高，还容易被屏蔽IP 2013-04-21 08:13:12
写perl批量抓网页，分析网页，提取想要的东东
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4楼2013-04-20 19:49:15
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ValYu

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 帘外飞雪 at 2013-04-20 19:49:15
写perl批量抓网页，分析网页，提取想要的东东

我正准备学python，据说比perl简单
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生命灿烂，精神永恒
5楼2013-04-21 09:12:46
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ValYu

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wizardfan at 2013-04-20 08:20:25
去ftp网站上下载你所需物种的全部蛋白质FASTA序列，然后写了perl或者其他啥的，只要描述行里有kinase的就保留。
不过你到底要的是domain，还是整个蛋白？如果是domain的话，就不能光下载FASTA文件，而是要下载DAT文 ...

是domain，像这个网页中这样的http://www.uniprot.org/blast/?about=P21860[709-966]

我只要文本框中的东西，实际上是把文本框中的东西复制粘贴下来，不是那种链接式的下载。正准备学python实现这个
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生命灿烂，精神永恒
6楼2013-04-21 09:16:38
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ValYu

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 547star at 2013-04-19 21:54:23
坐等高手。
如果是我，会选择做BLAST，把blast结果下载，其中的fasta格式基本满足我的需要，想需要多的序列，BLAST的时候先设置一下参数。可以参考刚做的结果： http://www.uniprot.org/blast/uniprot/20130419600 ...

感觉blast不会那么精确吧？我想要的就是像这个网页中的文本框的那段序列http://www.uniprot.org/blast/?about=P21860[709-966]
是相应条目中Sequence annotation中Protein kinase的部分，一般不到300个残基，你的结果明显太长了哈
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生命灿烂，精神永恒
7楼2013-04-21 09:20:04
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帘外飞雪

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by ValYu at 2013-04-21 09:12:46
我正准备学python，据说比perl简单...

学哪个都可以，不要同时学就行
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8楼2013-04-21 10:22:15
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by ValYu at 2013-04-21 09:16:38
是domain，像这个网页中这样的http://www.uniprot.org/blast/?about=P21860

我只要文本框中的东西，实际上是把文本框中的东西复制粘贴下来，不是那种链接式的下载。正准备学python实现这个...

看起来你是只要序列的一部分，如果要批处理的话，你必须可以自动获得这些坐标，有想法了没有？
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9楼2013-04-21 17:46:18
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ValYu

银虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by wizardfan at 2013-04-21 17:46:18
看起来你是只要序列的一部分，如果要批处理的话，你必须可以自动获得这些坐标，有想法了没有？...

问过搞编程的，说完全可以实现，因为链接的方式是固定的，文本框中的东西也可以自动搞下来，所以正在奋力学Python……
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生命灿烂，精神永恒
10楼2013-04-22 08:44:26
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