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关于uniprot的批量序列下载
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我想从uniprot上批量下载400多个kinase的protein kinase domain，手工操作太麻烦且容易出错，网站自身又没有批处理功能，怎样能够实现这样的程序化批量下载呢？是不是要编写什么网页脚本？求大神指教！如回答的好我会继续加金币的！ [ 来自科研家族 化学生物学 ] |
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感觉blast不会那么精确吧？我想要的就是像这个网页中的文本框的那段序列http://www.uniprot.org/blast/?about=P21860[709-966] 是相应条目中Sequence annotation中Protein kinase的部分，一般不到300个残基，你的结果明显太长了哈 |
7楼2013-04-21 09:20:04
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+2, BLAST也是个可行的思路 2013-04-20 08:21:40
ValYu: 金币+5, ★有帮助 2013-04-21 09:20:25
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ValYu: 金币+5, ★有帮助 2013-04-21 09:20:25
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坐等高手。 如果是我，会选择做BLAST，把blast结果下载，其中的fasta格式基本满足我的需要，想需要多的序列，BLAST的时候先设置一下参数。可以参考刚做的结果： http://www.uniprot.org/blast/uniprot/201304196009B639SI.* 或 http://www.uniprot.org/blast/uni ... e=yes&limit=250 |
2楼2013-04-19 21:54:23
wizardfan
至尊木虫 (著名写手)
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3楼2013-04-20 08:20:25
帘外飞雪
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4楼2013-04-20 19:49:15