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批量修改序列名字 已有2人参与
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各位，好！ 我想批量修改序列的名字，请问应该怎么做，最好使用perl。序列名字大体如下： >Mt3708298.1 Afjjgjgkkfjgorgjo AAAAAAAAAAAAAAAAATTTTTTTTTTTT >Mt3708398.1 bvykyjgdjspskgjs CGATGCGCGCGCGAATATATAGCGTAGACTAGATC 我想改成： >Mt3708298.1 >Mt3708398.1 也就是说，只要序列名字的前几位，应该怎么写脚本呢？谢谢！ |
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4楼2015-05-21 19:11:50
liuderong
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wizardfan: 金币+2, thanks for helping, but there is an error in your codes 2015-05-21 08:06:12
wizardfan: sorry, no error. my mistake, forget that you do not chomp 2015-05-21 08:08:14
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#!/usr/bin/perl -w open IN,"....";#"...."位置换成初始文件的路径 open OUT,"...";#"..."位置换成你想保存结果的文件路径 while(<IN>  {if(/(^>.*?) /){ print OUT "$1\n"; }else{ print OUT "$_"; } } |
2楼2015-05-20 14:28:51
liuderong
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