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shenl891

铁虫 (初入文坛)

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[求助] 新手问题：想问关于小分子与蛋白质分子的对接的问题已有2人参与

新手问题：想做小分子与蛋白质分子的对接，用autoduck，需要对蛋白质分子先用amber优化吗？刚刚接触，组里也没有人做，迷茫中？

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asb

1楼2015-05-19 21:11:26

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therotyonth

金虫 (正式写手)

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专业: 理论和计算化学

【答案】应助回帖

一般情况是不需要优化再对接的，如果是下载的pdb里面有缺失的残基，或者该结构不是通过实验测定的结构，那么最好还是先做短时间的优化，可能的话，将单独的蛋白质结构做下MD，这样可以得到较好的初始结构。

3楼2015-07-18 21:12:47

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pymol

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【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1

你的蛋白结构是从pdb数据库下载下来的吗，是的话不用优化结构了
若果是同源建模的结构，评估一下结构，可以考虑能量最小化优化

2楼2015-05-20 09:37:47

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