应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 新手问题：想问关于小分子与蛋白质分子的对接的问题
31/1返回列表
查看: 1182  |  回复: 2
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

shenl891

铁虫 (初入文坛)

[求助] 新手问题：想问关于小分子与蛋白质分子的对接的问题已有2人参与

新手问题：想做小分子与蛋白质分子的对接，用autoduck，需要对蛋白质分子先用amber优化吗？刚刚接触，组里也没有人做，迷茫中？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
asb
1楼2015-05-19 21:11:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你的蛋白结构是从pdb数据库下载下来的吗，是的话不用优化结构了
若果是同源建模的结构，评估一下结构，可以考虑能量最小化优化
赞一下 回复此楼
2楼2015-05-20 09:37:47
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

therotyonth

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

一般情况是不需要优化再对接的，如果是下载的pdb里面有缺失的残基，或者该结构不是通过实验测定的结构，那么最好还是先做短时间的优化，可能的话，将单独的蛋白质结构做下MD，这样可以得到较好的初始结构。
赞一下 回复此楼
3楼2015-07-18 21:12:47
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 shenl891 的主题更新
31/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭