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shenl891

铁虫 (初入文坛)

[求助] 新手问题:想问关于小分子与蛋白质分子的对接的问题 已有2人参与

新手问题:想做小分子与蛋白质分子的对接,用autoduck,需要对蛋白质分子先用amber优化吗?刚刚接触,组里也没有人做,迷茫中?
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asb
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你的蛋白结构是从pdb数据库下载下来的吗,是的话不用优化结构了
若果是同源建模的结构,评估一下结构,可以考虑能量最小化优化
2楼2015-05-20 09:37:47
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therotyonth

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

一般情况是不需要优化再对接的,如果是下载的pdb里面有缺失的残基,或者该结构不是通过实验测定的结构,那么最好还是先做短时间的优化,可能的话,将单独的蛋白质结构做下MD,这样可以得到较好的初始结构。
3楼2015-07-18 21:12:47
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