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路尽繁华

铜虫 (小有名气)

[求助] DNA序列比对 已有6人参与

现有一已知基因序列(500多bp),筛选出阳性克隆测序,通过DNAman比对,有5~15个碱基与已知序列不相同,被嫌弃了,基因是对的,但是被怀疑有碱基突变,不晓得能否进行下一步实验。用的廉价酶,生工测序,被各种吐槽如:用的酶不行(易突变)、国内测序不行,求大神分享哈经验
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bright8

铁杆木虫 (著名写手)

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myprayer: 金币+1, 鼓励发帖积极交流。 2015-05-08 13:08:34
用takara普通taq酶,1000bp也只有2到3个突变,你这突变太多,建议换高保真酶。

[ 发自小木虫客户端 ]
2楼2015-05-08 07:33:04
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yingheqian

金虫 (著名写手)

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如果只是做长度多态,用普通酶,如果要测序,要克隆表达,一定要用高保真酶
3楼2015-05-08 07:50:16
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781055707

木虫 (著名写手)

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myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2015-05-08 13:08:52
才500BP,不太容易突变的,,应该是你模板本身就是如此。我做8000BP用的TAKALA的普通的酶,测序后也没一个突变的,即使突变了,看下氨基酸的情况,对的话也没问题。还可以用重叠PCR把你突变的碱基变回来。
采菊东篱下,悠然见南山。
4楼2015-05-08 11:21:49
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ZQS2013

铜虫 (初入文坛)

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西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-05-08 22:25:30
500bp能突变5--15个碱基  估计模板有问题的可能性大些   原来做克隆遇到过一段序列的突变  找了下原因是引物有问题   建议检查下模板和引物吧   突变这么多  氨基酸应该也变化   不可用了  重新做吧
5楼2015-05-08 11:50:55
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向光生长

禁虫 (知名作家)


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myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2015-05-08 13:09:00
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6楼2015-05-08 12:10:42
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wanglele87

金虫 (著名写手)

是同意突变就没事。酶的话还是用高保真pfu吧。测序的话还有在国外测的。

[ 发自小木虫客户端 ]
一生不羁放纵爱自由
7楼2015-05-08 12:54:31
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王冠傑

铁虫 (小有名气)

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把峰图贴出来,有问题的地方圈出来,我看看是不是测序问题。
8楼2015-05-10 15:02:48
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