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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » DNA序列比对
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路尽繁华

铜虫 (小有名气)

[求助] DNA序列比对 已有6人参与

现有一已知基因序列（500多bp），筛选出阳性克隆测序，通过DNAman比对，有5~15个碱基与已知序列不相同，被嫌弃了，基因是对的，但是被怀疑有碱基突变，不晓得能否进行下一步实验。用的廉价酶，生工测序，被各种吐槽如：用的酶不行（易突变）、国内测序不行，求大神分享哈经验
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1楼 2015-05-08 00:06:16
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bright8

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

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myprayer: 金币+1, 鼓励发帖积极交流。 2015-05-08 13:08:34
用takara普通taq酶,1000bp也只有2到3个突变,你这突变太多，建议换高保真酶。

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2楼2015-05-08 07:33:04
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yingheqian

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
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myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2015-05-08 13:08:44
如果只是做长度多态，用普通酶，如果要测序，要克隆表达，一定要用高保真酶
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3楼2015-05-08 07:50:16
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781055707

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

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myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2015-05-08 13:08:52
才500BP,不太容易突变的，，应该是你模板本身就是如此。我做8000BP用的TAKALA的普通的酶，测序后也没一个突变的，即使突变了，看下氨基酸的情况，对的话也没问题。还可以用重叠PCR把你突变的碱基变回来。
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采菊东篱下，悠然见南山。
4楼2015-05-08 11:21:49
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ZQS2013

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
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西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-05-08 22:25:30
500bp能突变5--15个碱基  估计模板有问题的可能性大些   原来做克隆遇到过一段序列的突变  找了下原因是引物有问题   建议检查下模板和引物吧   突变这么多  氨基酸应该也变化   不可用了  重新做吧
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5楼2015-05-08 11:50:55
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向光生长

禁虫 (知名作家)
★
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6楼2015-05-08 12:10:42
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wanglele87

金虫 (著名写手)
是同意突变就没事。酶的话还是用高保真pfu吧。测序的话还有在国外测的。

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一生不羁放纵爱自由
7楼2015-05-08 12:54:31
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王冠傑

铁虫 (小有名气)

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把峰图贴出来，有问题的地方圈出来，我看看是不是测序问题。
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8楼2015-05-10 15:02:48
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