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Docking完成后的受体配体pdb分离
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autodocking是老师帮忙给做好的，他给了我三个文件 1.ligand.pdb 2.protein.pdb（只含有蛋白质无杂质，而且是单链） 3.ligand_combine_protein.pdb 目的是想分析一下受体结合配体以后构象的变化。 是这样的： 我在VMD打开第3个文件，并不显示配体的构象，只显示的蛋白质的构象（几乎同文件2一样）。图像上根本看不出来构象的变化，所以我现在想把文件3分成ligand1.pdb和protein1.pdb（或者有什么命令行只提取其中的受体蛋白质部分），然后再拿protein1.pdb生成protein1.psf再来和之前未结合配体的protein.psf比较，这样可行么。导师让我先把这三个文件的psf做出来。 我入门级别，只学了半个多月，研究生转成这个方向近期开始鼓捣。毕设导师建议我这个做毕业设计，所以很认真对待，可能问题比较基础，还请有心虫友耐心解答，感激不尽。 希望： （最好使用VMD）虫友能帮我把具体的命令和步骤写清楚，还有需要的脚本文件，不胜感激，金币是全部啊，少的可怜不要嫌弃啦。。。 |
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