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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 扩基因全长出现问题了，求大神指导！！！
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chemi22

新虫 (初入文坛)

[求助] 扩基因全长出现问题了，求大神指导！！！ 已有3人参与

我最近在扩基因全长，核心序列已经扩出，再扩3‘和5’端，在扩出3‘端之后，发现3’端基因序列和核心序列能拼接上，并且已扩出poly A，但是在寻找开放阅读框的时候找不到终止密码子，不知道问题出在了哪里，请大神赐教，跪谢！！
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1楼 2015-04-09 15:25:41
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
可能有突变，换个样重新测序下。
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2楼2015-04-09 16:25:58
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王平阳

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
要多测几个样，找到准确序列，再找ORF，可以用ORF Finder 在线软件查找
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html
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没有做不到，只有想不到！
3楼2015-04-09 16:30:25
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hanxiaominhu

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
chemi22: 金币+1, ★有帮助 2015-04-10 15:58:26
3‘和5’拼接完没问题后用核酸序列和预估的氨基酸序列都在NCBI上比对，看看起始和终止密码子有没有。找不到ORF可能有单点的碱基突变或缺失之类的问题。最后都不行就只能再设计范围大一点的引物P出来整个序列测序了。
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4楼2015-04-09 19:11:06
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Gloria36

新虫 (初入文坛)
你好，我最近要做扩基因的全长。
我研究的菌株有亚硝酸盐还原酶，经老板送去全基因测序后预测到编码该酶的多个基因片段。
我刚结束每个预测片段的设计引物，提取菌株DNA为模板的PCR，测序后对比，验证是否与预测的序列一致。
结果是各实验得片段序列与预测序列一致。
老板现在想要我根据已知片段扩出该酶的基因全序列。
请问，我要怎么做？谢谢
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5楼2017-02-28 15:38:00
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