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崔永霞

铁虫 (小有名气)

[求助] 如何进行蛋白质三维结构分析 已有1人参与

我手里有一个氨基酸序列,想做一下蛋白质的三维结构分析,但是不知道从何下手。请各位高手指点。
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每个人都有心底最柔软的地方,请不要触碰它,因为每个人都有自己的尊严!
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2015-04-09 08:23:40
崔永霞: 金币+6, ★★★很有帮助, 谢谢! 2015-04-13 23:25:56
崔永霞: 金币+6, ★★★很有帮助, 非常感谢 2015-04-14 00:02:48
崔永霞: 金币+6, ★★★很有帮助, 非常感谢 2015-04-15 04:03:59
对这方面不了解的话,可以SWISS-MODEL 在线建模(http://swissmodel.expasy.org/),然后根据它选择的模板的结构对建模结果进行分析;也可以自己用MODELER、Discovery Studio等软件自己建模,然后分析。
2楼2015-04-09 08:11:59
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崔永霞

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lxj341401 at 2015-04-09 08:11:59
对这方面不了解的话,可以SWISS-MODEL 在线建模(http://swissmodel.expasy.org/),然后根据它选择的模板的结构对建模结果进行分析;也可以自己用MODELER、Discovery Studio等软件自己建模,然后分析。

你好,我根据你给的网址做了在线建模分析,但是结果出来了,我看不懂啊 。http://swissmodel.expasy.org/interactive/B3r5Du/models/,能不能麻烦你再帮我看一下啊。谢谢了。
每个人都有心底最柔软的地方,请不要触碰它,因为每个人都有自己的尊严!
3楼2015-04-13 23:59:55
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崔永霞

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lxj341401 at 2015-04-09 08:11:59
对这方面不了解的话,可以SWISS-MODEL 在线建模(http://swissmodel.expasy.org/),然后根据它选择的模板的结构对建模结果进行分析;也可以自己用MODELER、Discovery Studio等软件自己建模,然后分析。

http://swissmodel.expasy.org/interactive/B3r5Du/models
每个人都有心底最柔软的地方,请不要触碰它,因为每个人都有自己的尊严!
4楼2015-04-14 00:01:08
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 崔永霞 at 2015-04-14 00:01:08
http://swissmodel.expasy.org/interactive/B3r5Du/models...

模板和你的序列同源性高达85%,建模结果是比较可靠的。
具体怎么看,告诉你方法:你先看选择的模板,然后从PDB数据库中找到该模板和对应的文献,再从该文献入手分析自己的结构。比如第一个结果,模板是2XZ1,对应的文献如下:
Remote control of regioselectivity in acyl-acyl carrier protein-desaturases.
Guy, J.E.,  Whittle, E.,  Moche, M.,  Lengqvist, J.,  Lindqvist, Y.,  Shanklin, J.
Journal: (2011) Proc.Natl.Acad.Sci.USA 108: 16594
PubMed: 21930947         
PubMedCentral: PMC3189045         
DOI: 10.1073/pnas.1110221108
5楼2015-04-14 08:24:11
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崔永霞

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by lxj341401 at 2015-04-14 08:24:11
模板和你的序列同源性高达85%,建模结果是比较可靠的。
具体怎么看,告诉你方法:你先看选择的模板,然后从PDB数据库中找到该模板和对应的文献,再从该文献入手分析自己的结构。比如第一个结果,模板是2XZ1,对应 ...

哦,非常感谢,我再看看。
每个人都有心底最柔软的地方,请不要触碰它,因为每个人都有自己的尊严!
6楼2015-04-15 04:03:15
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崔永霞

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by lxj341401 at 2015-04-14 08:24:11
模板和你的序列同源性高达85%,建模结果是比较可靠的。
具体怎么看,告诉你方法:你先看选择的模板,然后从PDB数据库中找到该模板和对应的文献,再从该文献入手分析自己的结构。比如第一个结果,模板是2XZ1,对应 ...

那现在得到的这个三维结构是根据模板的三维结构得到的,也不一定就是这个酶蛋白的真实的三维结构?
每个人都有心底最柔软的地方,请不要触碰它,因为每个人都有自己的尊严!
7楼2015-04-15 04:37:38
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 崔永霞 at 2015-04-15 04:37:38
那现在得到的这个三维结构是根据模板的三维结构得到的,也不一定就是这个酶蛋白的真实的三维结构?...

这是同源建模,真实结构要结晶做X-衍射等。
8楼2015-04-15 08:18:31
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崔永霞

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by lxj341401 at 2015-04-15 08:18:31
这是同源建模,真实结构要结晶做X-衍射等。...

哦,明白了,非常感谢。
每个人都有心底最柔软的地方,请不要触碰它,因为每个人都有自己的尊严!
9楼2015-04-15 22:21:09
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liuyil

银虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by lxj341401 at 2015-04-15 03:18:31
这是同源建模,真实结构要结晶做X-衍射等。...

您好,我是遗传学的,对蛋白方面不了解,得到2个氨基酸序列,抗体序列,一个是改造过的,一个没有改造,我想比较二者的差异,和抗体的结合能力这些,怎么操作呢?望指点,谢谢您。
未来不知道会怎么样,做好当下最重要。
10楼2018-01-13 11:50:36
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