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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 蛋白质三级结构3D图制作问题
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wkzhangchi

新虫 (初入文坛)

[求助] 蛋白质三级结构3D图制作问题 已有2人参与

用的同源建模网站  http://swissmodel.expasy.org/interactive/NNUvM6/models
然后得到了3个模型（相似度都在38%左右），但是都缺少了其实开始的一部分。之前预测时，缺少的这一部分正好是信号肽（23个AA），我在想中间是不是有什么巧合或者信号肽不出现在模型中？
但接下来出来的3个模型结果如【附件1】中所示，其中有几个英文很不理解代表什么：
GMQE（全球性模型质量估测）0.62 是不是越接近1越好？
QMEAN4  -6.63（后带一个手爪给差评） 又是什么意思啊？


接着我将3个模型都下载下来PDB格式的文件，用deepview打开。但出来的是骨架图。我想要的是三维立体图【附件3】。就是a螺旋和b折叠等不同二级结构着不同颜色的那种直观图。倒是知道怎么弄成3D的了，但是颜色上不会弄【附件3】。deepview的说明书上也没有说。看了2012年的讨论，按照步骤走了一遍也不对，显示出来的3D图形为纯白色的。
一句原话：“在display - render in 3D(颜色先设好），这时显示的是带有化学骨架的cartoon条带，随后在control pannel面板中将所有氨基酸“V”去除（拖选即可），仅保留ribn项。即可达到你所需效果。” 但是我还是没搞出来……
请大神们指教~~~~

蛋白质三级结构3D图制作问题
1.JPG


蛋白质三级结构3D图制作问题-1
2.JPG


蛋白质三级结构3D图制作问题-2
3.JPG
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1楼 2014-05-14 22:04:44
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

黑藻先生

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+3, 鼓励交流！ 2014-05-30 20:22:44
wkzhangchi: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-06-09 16:05:06
我记得SWISSMODEL一般有个Z SCORE 如果你这个QMEAN指的是这个的话
Z的值一般在4以内才算 贴近0最好的样子

你这个相似度38%有点低 可能主要是你这个蛋白本身就找不到很同源的模板
或者可以尝试下先BLAST然后再MODELLER做多模板模建



并不是给你模建的是只有骨架的 PDB文件就是可以三维现实各种的的 只是你软件没有调出来而已 你自己选择的可能默认是骨架而已 PS 即使是骨架也是三维结构
你如果要飘带模型卡通模型什么的自己调一下就可以了
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4楼2014-05-20 16:23:33
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ferlich

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 20:20:51
wkzhangchi: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-06-09 16:05:28
本帖内容被屏蔽
2楼2014-05-16 15:22:07
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ferlich

禁虫 (小有名气)
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3楼2014-05-18 15:26:07
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ferlich

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
7楼2014-05-30 11:05:00
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wkzhangchi

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 黑藻先生 at 2014-05-20 16:23:33
我记得SWISSMODEL一般有个Z SCORE 如果你这个QMEAN指的是这个的话
Z的值一般在4以内才算 贴近0最好的样子

你这个相似度38%有点低 可能主要是你这个蛋白本身就找不到很同源的模板
或者可以尝试下先BLAST然后再 ...

尝试下先BLAST然后再MODELLER做多模板模建
能不能说的再详细点？我去NCBI上搜到几个相似度高的序列，然后以FASTA格式输出，再做aligment model 对吗？
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8楼2014-06-13 18:59:53
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普通回帖

wkzhangchi

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by ferlich at 2014-05-18 15:26:07
补充一下，建议用pymol来画吧，非常简单，点两下鼠标就行

谢谢啦，我尝试了一下，画出来的图很好看，但是貌似无法单一标记某个自己想要的氨基酸，可能我不会弄
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5楼2014-05-29 18:22:16
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wkzhangchi

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 黑藻先生 at 2014-05-20 16:23:33
我记得SWISSMODEL一般有个Z SCORE 如果你这个QMEAN指的是这个的话
Z的值一般在4以内才算 贴近0最好的样子

你这个相似度38%有点低 可能主要是你这个蛋白本身就找不到很同源的模板
或者可以尝试下先BLAST然后再 ...

我已经学会能够调出来飘带模型了，但是还没摸索好那个颜色的问题，貌似那个颜色选项是根据你显示的是飘带还是骨架什么的变换的。有时候那个颜色选项代表的是飘带的颜色，有时候却又代表的是什么骨架的颜色，有时候又是某个氨基酸的表面的颜色，弄得我糊涂了
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6楼2014-05-29 18:24:44
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lugylucy

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wkzhangchi at 2014-05-29 18:24:44
我已经学会能够调出来飘带模型了，但是还没摸索好那个颜色的问题，貌似那个颜色选项是根据你显示的是飘带还是骨架什么的变换的。有时候那个颜色选项代表的是飘带的颜色，有时候却又代表的是什么骨架的颜色，有时候 ...

请问楼主后来是怎么解决呢？怎样才能调出飘带模型呢？我遇到了同样问题
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9楼2015-09-08 12:32:16
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wzb1933

木虫 (小有名气)
可以发我一下这个软件？657234536

发自小木虫Android客户端
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10楼2015-12-14 23:38:36
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