| 查看: 5228 | 回复: 13 | ||
[求助]
蛋白质三级结构3D图制作问题 已有2人参与
|
||
|
用的同源建模网站 http://swissmodel.expasy.org/interactive/NNUvM6/models 然后得到了3个模型（相似度都在38%左右），但是都缺少了其实开始的一部分。之前预测时，缺少的这一部分正好是信号肽（23个AA），我在想中间是不是有什么巧合或者信号肽不出现在模型中？ 但接下来出来的3个模型结果如【附件1】中所示，其中有几个英文很不理解代表什么： GMQE（全球性模型质量估测）0.62 是不是越接近1越好？ QMEAN4 -6.63（后带一个手爪给差评） 又是什么意思啊？ 接着我将3个模型都下载下来PDB格式的文件，用deepview打开。但出来的是骨架图。我想要的是三维立体图【附件3】。就是a螺旋和b折叠等不同二级结构着不同颜色的那种直观图。倒是知道怎么弄成3D的了，但是颜色上不会弄【附件3】。deepview的说明书上也没有说。看了2012年的讨论，按照步骤走了一遍也不对，显示出来的3D图形为纯白色的。 一句原话：“在display - render in 3D(颜色先设好），这时显示的是带有化学骨架的cartoon条带，随后在control pannel面板中将所有氨基酸“V”去除（拖选即可），仅保留ribn项。即可达到你所需效果。” 但是我还是没搞出来…… 请大神们指教~~~~  1.JPG  2.JPG  3.JPG |
回复此楼» 猜你喜欢
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
蛋白质三级结构结构模建
已经有3人回复
- pymol分析蛋白高级结构
已经有9人回复
- 蛋白质三维结构的构建
已经有4人回复
- 请问一下大家有没有分析蛋白质二级结构含量变化的软件或者方法？
已经有7人回复
- 如何构建重组蛋白的三级结构图
已经有16人回复
- 怎样进行蛋白质高级结构的比对分析
已经有7人回复
- 蛋白质功能结构域保守性分析图
已经有7人回复
- 蛋白质立体结构3D图 软件
已经有4人回复
- 蛋白质二级结构、三级结构的预测
已经有8人回复
- 蛋白质二级结构预测
已经有9人回复
- 如何查找已知蛋白质、酶的结构、空间尺寸大小？
已经有4人回复
- 如何查找已知蛋白质、酶的结构、空间尺寸大小？
已经有3人回复
- 急求：得到蛋白质后，想对其进行二级结构的检测，求方法和机构
已经有9人回复
- 蛋白质3-d 结构预测
已经有3人回复
- 蛋白质二级结构分析
已经有12人回复
- 关于两个蛋白质结构叠合的原理（或者相关的程序）
已经有12人回复
- 【求助】清楚的蛋白质二级结构图
已经有6人回复
- 【求助】蛋白质结构预测实验指南
已经有12人回复
- 【分享】蛋白质结构预测流程
已经有32人回复
- 【求助】现在还有没有可用的可画蛋白质拓扑结构的软件或网站？
已经有4人回复
- 【求助/交流】菜鸟求助，如何由蛋白质的一级结构得到三级结构？
已经有12人回复
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+3, 鼓励交流！ 2014-05-30 20:22:44
wkzhangchi: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-06-09 16:05:06
月只蓝: 金币+3, 鼓励交流！ 2014-05-30 20:22:44
wkzhangchi: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-06-09 16:05:06
|
我记得SWISSMODEL一般有个Z SCORE 如果你这个QMEAN指的是这个的话 Z的值一般在4以内才算 贴近0最好的样子 你这个相似度38%有点低 可能主要是你这个蛋白本身就找不到很同源的模板 或者可以尝试下先BLAST然后再MODELLER做多模板模建 并不是给你模建的是只有骨架的 PDB文件就是可以三维现实各种的的 只是你软件没有调出来而已 你自己选择的可能默认是骨架而已 PS 即使是骨架也是三维结构 你如果要飘带模型卡通模型什么的自己调一下就可以了 |
4楼2014-05-20 16:23:33
★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 20:20:51
wkzhangchi: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-06-09 16:05:28
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 20:20:51
wkzhangchi: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-06-09 16:05:28
|
本帖内容被屏蔽 |
2楼2014-05-16 15:22:07
|
本帖内容被屏蔽 |
3楼2014-05-18 15:26:07
|
本帖内容被屏蔽 |
7楼2014-05-30 11:05:00
8楼2014-06-13 18:59:53
5楼2014-05-29 18:22:16
6楼2014-05-29 18:24:44
lugylucy
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 242.1
- 散金: 11
- 帖子: 37
- 在线: 5.3小时
- 虫号: 2049197
- 注册: 2012-10-08
- 专业: 临床分子生物学检验
9楼2015-09-08 12:32:16
10楼2015-12-14 23:38:36
