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蛋白质三级结构3D图制作问题已有2人参与
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用的同源建模网站 http://swissmodel.expasy.org/interactive/NNUvM6/models 然后得到了3个模型（相似度都在38%左右），但是都缺少了其实开始的一部分。之前预测时，缺少的这一部分正好是信号肽（23个AA），我在想中间是不是有什么巧合或者信号肽不出现在模型中？ 但接下来出来的3个模型结果如【附件1】中所示，其中有几个英文很不理解代表什么： GMQE（全球性模型质量估测）0.62 是不是越接近1越好？ QMEAN4 -6.63（后带一个手爪给差评） 又是什么意思啊？ 接着我将3个模型都下载下来PDB格式的文件，用deepview打开。但出来的是骨架图。我想要的是三维立体图【附件3】。就是a螺旋和b折叠等不同二级结构着不同颜色的那种直观图。倒是知道怎么弄成3D的了，但是颜色上不会弄【附件3】。deepview的说明书上也没有说。看了2012年的讨论，按照步骤走了一遍也不对，显示出来的3D图形为纯白色的。 一句原话：“在display - render in 3D(颜色先设好），这时显示的是带有化学骨架的cartoon条带，随后在control pannel面板中将所有氨基酸“V”去除（拖选即可），仅保留ribn项。即可达到你所需效果。” 但是我还是没搞出来…… 请大神们指教~~~~  1.JPG  2.JPG  3.JPG |
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lugylucy
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9楼2015-09-08 12:32:16
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我记得SWISSMODEL一般有个Z SCORE 如果你这个QMEAN指的是这个的话 Z的值一般在4以内才算 贴近0最好的样子 你这个相似度38%有点低 可能主要是你这个蛋白本身就找不到很同源的模板 或者可以尝试下先BLAST然后再MODELLER做多模板模建 并不是给你模建的是只有骨架的 PDB文件就是可以三维现实各种的的 只是你软件没有调出来而已 你自己选择的可能默认是骨架而已 PS 即使是骨架也是三维结构 你如果要飘带模型卡通模型什么的自己调一下就可以了 |
4楼2014-05-20 16:23:33