24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
汕头大学海洋科学接受调剂
查看: 4056  |  回复: 9

崔永霞

铁虫 (小有名气)

[求助] 如何进行蛋白质三维结构分析 已有1人参与

我手里有一个氨基酸序列,想做一下蛋白质的三维结构分析,但是不知道从何下手。请各位高手指点。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

每个人都有心底最柔软的地方,请不要触碰它,因为每个人都有自己的尊严!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2015-04-09 08:23:40
崔永霞: 金币+6, ★★★很有帮助, 谢谢! 2015-04-13 23:25:56
崔永霞: 金币+6, ★★★很有帮助, 非常感谢 2015-04-14 00:02:48
崔永霞: 金币+6, ★★★很有帮助, 非常感谢 2015-04-15 04:03:59
对这方面不了解的话,可以SWISS-MODEL 在线建模(http://swissmodel.expasy.org/),然后根据它选择的模板的结构对建模结果进行分析;也可以自己用MODELER、Discovery Studio等软件自己建模,然后分析。
2楼2015-04-09 08:11:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

崔永霞

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lxj341401 at 2015-04-09 08:11:59
对这方面不了解的话,可以SWISS-MODEL 在线建模(http://swissmodel.expasy.org/),然后根据它选择的模板的结构对建模结果进行分析;也可以自己用MODELER、Discovery Studio等软件自己建模,然后分析。

你好,我根据你给的网址做了在线建模分析,但是结果出来了,我看不懂啊 。http://swissmodel.expasy.org/interactive/B3r5Du/models/,能不能麻烦你再帮我看一下啊。谢谢了。
每个人都有心底最柔软的地方,请不要触碰它,因为每个人都有自己的尊严!
3楼2015-04-13 23:59:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

崔永霞

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lxj341401 at 2015-04-09 08:11:59
对这方面不了解的话,可以SWISS-MODEL 在线建模(http://swissmodel.expasy.org/),然后根据它选择的模板的结构对建模结果进行分析;也可以自己用MODELER、Discovery Studio等软件自己建模,然后分析。

http://swissmodel.expasy.org/interactive/B3r5Du/models
每个人都有心底最柔软的地方,请不要触碰它,因为每个人都有自己的尊严!
4楼2015-04-14 00:01:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 崔永霞 at 2015-04-14 00:01:08
http://swissmodel.expasy.org/interactive/B3r5Du/models...

模板和你的序列同源性高达85%,建模结果是比较可靠的。
具体怎么看,告诉你方法:你先看选择的模板,然后从PDB数据库中找到该模板和对应的文献,再从该文献入手分析自己的结构。比如第一个结果,模板是2XZ1,对应的文献如下:
Remote control of regioselectivity in acyl-acyl carrier protein-desaturases.
Guy, J.E.,  Whittle, E.,  Moche, M.,  Lengqvist, J.,  Lindqvist, Y.,  Shanklin, J.
Journal: (2011) Proc.Natl.Acad.Sci.USA 108: 16594
PubMed: 21930947         
PubMedCentral: PMC3189045         
DOI: 10.1073/pnas.1110221108
5楼2015-04-14 08:24:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

崔永霞

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by lxj341401 at 2015-04-14 08:24:11
模板和你的序列同源性高达85%,建模结果是比较可靠的。
具体怎么看,告诉你方法:你先看选择的模板,然后从PDB数据库中找到该模板和对应的文献,再从该文献入手分析自己的结构。比如第一个结果,模板是2XZ1,对应 ...

哦,非常感谢,我再看看。
每个人都有心底最柔软的地方,请不要触碰它,因为每个人都有自己的尊严!
6楼2015-04-15 04:03:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

崔永霞

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by lxj341401 at 2015-04-14 08:24:11
模板和你的序列同源性高达85%,建模结果是比较可靠的。
具体怎么看,告诉你方法:你先看选择的模板,然后从PDB数据库中找到该模板和对应的文献,再从该文献入手分析自己的结构。比如第一个结果,模板是2XZ1,对应 ...

那现在得到的这个三维结构是根据模板的三维结构得到的,也不一定就是这个酶蛋白的真实的三维结构?
每个人都有心底最柔软的地方,请不要触碰它,因为每个人都有自己的尊严!
7楼2015-04-15 04:37:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 崔永霞 at 2015-04-15 04:37:38
那现在得到的这个三维结构是根据模板的三维结构得到的,也不一定就是这个酶蛋白的真实的三维结构?...

这是同源建模,真实结构要结晶做X-衍射等。
8楼2015-04-15 08:18:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

崔永霞

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by lxj341401 at 2015-04-15 08:18:31
这是同源建模,真实结构要结晶做X-衍射等。...

哦,明白了,非常感谢。
每个人都有心底最柔软的地方,请不要触碰它,因为每个人都有自己的尊严!
9楼2015-04-15 22:21:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuyil

银虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by lxj341401 at 2015-04-15 03:18:31
这是同源建模,真实结构要结晶做X-衍射等。...

您好,我是遗传学的,对蛋白方面不了解,得到2个氨基酸序列,抗体序列,一个是改造过的,一个没有改造,我想比较二者的差异,和抗体的结合能力这些,怎么操作呢?望指点,谢谢您。
未来不知道会怎么样,做好当下最重要。
10楼2018-01-13 11:50:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 崔永霞 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 药学305求调剂 +9 玛卡巴卡boom 2026-04-10 9/450 2026-04-14 11:20 by 不我拉绿卡
[考研] 求调剂学校 +7 不会吃肉 2026-04-13 7/350 2026-04-14 11:09 by LNTU-smj
[考研] 085404 298分求调剂 +11 呼啦呼啦呼呼呼 2026-04-10 12/600 2026-04-14 08:38 by wfj257
[考研] 调剂 +27 不逢春 2026-04-07 28/1400 2026-04-13 20:19 by xxy88888
[考研] 一志愿厦大生物学332求调剂 +11 池池池池池池 2026-04-08 11/550 2026-04-13 14:10 by 科研论
[考研] 生物学调剂 +11 小冉要努力 2026-04-10 13/650 2026-04-13 11:46 by 电化学及催化
[考研] 211本科材料化工求调剂 +17 YHLAH 2026-04-11 20/1000 2026-04-13 08:46 by Sammy2
[考研] +10 李多米lee. 2026-04-12 11/550 2026-04-12 22:58 by yuyin1233
[考研] 296求调剂 +14 汪!?! 2026-04-10 16/800 2026-04-12 10:48 by zhouyuwinner
[考研] 291分调剂 +5 上岸小莹加油 2026-04-09 6/300 2026-04-11 21:06 by 逆水乘风
[考研] 284求调剂 +11 archer.. 2026-04-09 12/600 2026-04-11 20:23 by 蓝云思雨
[考研] 296求调剂 +6 汪!?! 2026-04-09 6/300 2026-04-11 11:25 by zhq0425
[考研] 0854调剂 +5 音像店听花鼓戏 2026-04-10 5/250 2026-04-11 10:49 by qingpingzhu
[考研] 农学0904 312求调剂 +6 Say Never 2026-04-10 6/300 2026-04-11 10:33 by wwj2530616
[考研] 085410-273求调剂 +6 X1999 2026-04-10 6/300 2026-04-11 10:32 by Delta2012
[考研] 考研调剂 +26 硕星赴 2026-04-09 27/1350 2026-04-10 22:24 by 猪会飞
[考研] 吉大计算机技术331分,英语六级,求调剂 +3 峰峰021116 2026-04-09 3/150 2026-04-10 20:01 by chemisry
[考研] 材料专业344求调剂 +16 hualkop 2026-04-10 21/1050 2026-04-10 17:28 by laoshidan
[考研] 349学科化学045106求调剂,化学类都可以 +8 保好懂懂 2026-04-08 8/400 2026-04-09 14:03 by xulei3024
[考研] 求调剂 +13 柒luck 2026-04-07 13/650 2026-04-08 22:46 by 猪会飞
信息提示
请填处理意见