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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » DS分子动力学时间设置问题
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LinuxHawk

新虫 (初入文坛)

[求助] DS分子动力学时间设置问题 已有1人参与

用DS做分子动力学模拟，比如需要进行1000ps的分子动力学计算，模拟步长为1ps，每隔100fs收集一份子构象怎么设置。
DS分子动力学时间设置问题
按图中的设置吗？
新手不懂求大牛指导。
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1楼 2015-03-16 14:32:57
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LinuxHawk

新虫 (初入文坛)
最后采样的设置
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2楼2015-03-16 14:34:39
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玄泷sunny

金虫 (小有名气)
你好，我也是DS新手，可以留下联系方式，一起学习吗
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努力
3楼2015-04-20 09:08:55
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monsoncupid

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

time step只能设0.001（1fs）或者0.002（2fs），如果设置成0.002还要设置另外一个氢键震动限制。然后相应的调整save frequency=100或者50
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宅若久时天然呆，呆到深处自然萌
4楼2015-04-22 15:30:02
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