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hxppxh木虫 (正式写手)
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RNA-SEQ后的GO分析 已有1人参与
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以及分析了差异表达基因和差异表达的转录本。 请问（1）是应该用差异表达基因序列去做blastx 、还是拿所有表达了的基因序列去做blastx？ （2）后续如何做GO分析？在晚上看了很多介绍还是不太明白。看了几篇paper，每篇paper里用的都不一样。 |
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hxppxh
木虫 (正式写手)
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xingzhou823
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【答案】应助回帖
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kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2015-03-05 10:21:28
hxppxh: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-03-06 12:57:36
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首先你要了解GO分析的目的。你是想做功能富集分析，还是想做功能注释分析？ 一般我们获得差异表达基因之后，做的是GO功能富集分析。不仅可以做GO功能富集分析，还可以做pathway富集分析。 目的是获得差异表达基因所富集的生物学功能。 常用的工具有DAVID、webgestalt等，也可以是中文工具“云生信”（http://www.biocloudservice.com），他们使用的都是 fisher检验法计算pvalue。 |
2楼2015-03-04 13:51:40
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