24小时热门版块排行榜

返回列表

hxppxh

木虫 (正式写手)

应助: 6 (幼儿园)
金币: 5016.7
散金: 316
红花: 7
帖子: 566
在线: 271.4小时
虫号: 254981
注册: 2006-05-27
性别: GG
专业: 草地科学

[求助] RNA-SEQ后的GO分析已有1人参与

以及分析了差异表达基因和差异表达的转录本。
请问（1）是应该用差异表达基因序列去做blastx 、还是拿所有表达了的基因序列去做blastx？
（2）后续如何做GO分析？在晚上看了很多介绍还是不太明白。看了几篇paper，每篇paper里用的都不一样。

回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

转录组RNA-seq序列组装已经有21人回复
请教一个关于RNA-seq数据的问题已经有5人回复
总RNA电泳图求分析已经有7人回复
RNA测序的问题已经有4人回复
关于RNA-seq样品处理的问题求助大神们。。。已经有3人回复
比较转录组学分析问题已经有12人回复
Illumina高通量RNA测序数据分析中不同标准化方法的综合比较已经有6人回复
GO分析和KEGG pathway分析已经有18人回复
求转录组测序相关文章已经有14人回复
各位大神，咨询一下如何做GO分析啊？Gene ontology！已经有7人回复
如何理解RNA-Seq基因表达数据（Count，或 FPKM）服从泊松分布已经有8人回复
我是做微生物的，老师让我做这种菌的RNA-seq的目的是什么？我该怎么去分析这个结果已经有3人回复
基于Illumina RNA-Seq短序列的转录组从头组装软件比较与优化已经有8人回复
一个生物信息博客，ChIP-Seq数据分析，RNA-Seq数据分析已经有5人回复
转录组数据怎么分析已经有12人回复
请帮忙分析一下提取RNA遇到的问题已经有19人回复
关于转录组RNA-Seq分析已经有17人回复
怎么进行转录组分析已经有6人回复
转录组数据分析已经有4人回复

1楼 2015-03-03 23:53:56

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

xingzhou823

木虫 (正式写手)

五道杠

应助: 24 (小学生)
金币: 2391.6
散金: 200
红花: 7
帖子: 789
在线: 170.7小时
虫号: 2070126
注册: 2012-10-18
性别: GG
专业: 生物信息学

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2015-03-05 10:21:28
hxppxh: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-03-06 12:57:36

首先你要了解GO分析的目的。你是想做功能富集分析，还是想做功能注释分析？
一般我们获得差异表达基因之后，做的是GO功能富集分析。不仅可以做GO功能富集分析，还可以做pathway富集分析。目的是获得差异表达基因所富集的生物学功能。
常用的工具有DAVID、webgestalt等，也可以是中文工具“云生信”（http://www.biocloudservice.com），他们使用的都是 fisher检验法计算pvalue。

赞一下

回复此楼

你，长大了吗？~有目的的希望小木虫不要倒闭

2楼2015-03-04 13:51:40

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

hxppxh

木虫 (正式写手)

应助: 6 (幼儿园)
金币: 5016.7
散金: 316
红花: 7
帖子: 566
在线: 271.4小时
虫号: 254981
注册: 2006-05-27
性别: GG
专业: 草地科学

引用回帖:

2楼: Originally posted by xingzhou823 at 2015-03-04 13:51:40
首先你要了解GO分析的目的。你是想做功能富集分析，还是想做功能注释分析？
一般我们获得差异表达基因之后，做的是GO功能富集分析。不仅可以做GO功能富集分析，还可以做pathway富集分析。目的是获得差异表达基因所 ...

功能富集和功能注释分析我都要做。
(1) 功能注释打算用blastx，请问功能富集怎么做呢？
(2) 我有4个treatments， treatment 1 与treatment2的差异表达基因为gene list 1，treatment 3 与treatment 4的差异表达基因为gene list 2, 我能用enelist 1和genelist2去做富集分析吗？

赞一下

回复此楼

3楼2015-03-06 13:01:16

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖