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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » RNA-SEQ后的GO分析
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hxppxh

木虫 (正式写手)

[求助] RNA-SEQ后的GO分析 已有1人参与

以及分析了差异表达基因和差异表达的转录本。
请问（1）是应该用差异表达基因序列去做blastx 、还是拿所有表达了的基因序列去做blastx？
（2）后续如何做GO分析？在晚上看了很多介绍还是不太明白。看了几篇paper，每篇paper里用的都不一样。
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1楼 2015-03-03 23:53:56
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xingzhou823

木虫 (正式写手)

五道杠

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2015-03-05 10:21:28
hxppxh: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-03-06 12:57:36
首先你要了解GO分析的目的。你是想做功能富集分析，还是想做功能注释分析？
一般我们获得差异表达基因之后，做的是GO功能富集分析。不仅可以做GO功能富集分析，还可以做pathway富集分析。 目的是获得差异表达基因所富集的生物学功能。
常用的工具有DAVID、webgestalt等，也可以是中文工具“云生信”（http://www.biocloudservice.com），他们使用的都是 fisher检验法计算pvalue。
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你，长大了吗？~有目的的希望小木虫不要倒闭
2楼2015-03-04 13:51:40
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hxppxh

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xingzhou823 at 2015-03-04 13:51:40
首先你要了解GO分析的目的。你是想做功能富集分析，还是想做功能注释分析？
一般我们获得差异表达基因之后，做的是GO功能富集分析。不仅可以做GO功能富集分析，还可以做pathway富集分析。 目的是获得差异表达基因所 ...

功能富集和功能注释分析我都要做。
(1) 功能注释打算用blastx，请问功能富集怎么做呢？
(2) 我有4个treatments， treatment 1 与treatment2的差异表达基因为gene list 1，treatment 3 与treatment 4的差异表达基因为gene list 2, 我能用enelist 1和genelist2去做富集分析吗？
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3楼2015-03-06 13:01:16
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xingzhou823

木虫 (正式写手)

五道杠

【答案】应助回帖

内容已删除
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你，长大了吗？~有目的的希望小木虫不要倒闭
4楼2015-03-06 14:59:58
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