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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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键盘上的脚丫

金虫 (小有名气)

[求助] 怎么使用KEGG,NCBI等方法确认基因。 已有1人参与

查找一下 DNA 甲基转移酶(DNA methyltransferase, DNMT),这个基因在某个物种的转录组和基因组中的序列,然后做一下它的全长。


求确切的比对方法。
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晞朔

金虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 键盘上的脚丫 at 2015-01-12 16:21:03
我不确定筛选出来的序列是否就是我要的含有DNA甲基化结构域的序列。所以才用ncbi进行比对,确定之后,再用本地blast的那个序列做的引物设计。这样没问题吧...

个人觉得,没问题。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

6楼2015-01-12 16:35:24
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晞朔

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
如果该物种基因组序列已知,直接NCBI就能找出来。如果未知,就只能通过已知的同源序列用Tail,race去扩增。如果你有基因组或转录组的本地数据库,那就直接比对出来,设计引物扩增。
2楼2015-01-12 10:07:12
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键盘上的脚丫

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 晞朔 at 2015-01-12 10:07:12
如果该物种基因组序列已知,直接NCBI就能找出来。如果未知,就只能通过已知的同源序列用Tail,race去扩增。如果你有基因组或转录组的本地数据库,那就直接比对出来,设计引物扩增。

我有本地的数据库,我现在的做法是在基因组里面筛选注释为:DNA甲基化转移酶  的序列。然后再ncbi上进行blast比对,拥有DNA的特殊结构域的则为我所要扩的序列。这样子的做法可以吗?
3楼2015-01-12 15:55:33
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晞朔

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 键盘上的脚丫 at 2015-01-12 15:55:33
我有本地的数据库,我现在的做法是在基因组里面筛选注释为:DNA甲基化转移酶  的序列。然后再ncbi上进行blast比对,拥有DNA的特殊结构域的则为我所要扩的序列。这样子的做法可以吗?...

那你为何不用本地BLAST出来的序列直接设计引物扩增呢?
4楼2015-01-12 16:09:48
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