应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 怎么使用KEGG，NCBI等方法确认基因。
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 3708  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

键盘上的脚丫

金虫 (小有名气)

[求助] 怎么使用KEGG，NCBI等方法确认基因。 已有1人参与

查找一下 DNA 甲基转移酶(DNA methyltransferase, DNMT），这个基因在某个物种的转录组和基因组中的序列，然后做一下它的全长。


求确切的比对方法。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-01-12 09:59:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

键盘上的脚丫

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 晞朔 at 2015-01-12 10:07:12
如果该物种基因组序列已知，直接NCBI就能找出来。如果未知，就只能通过已知的同源序列用Tail，race去扩增。如果你有基因组或转录组的本地数据库，那就直接比对出来，设计引物扩增。

我有本地的数据库，我现在的做法是在基因组里面筛选注释为：DNA甲基化转移酶  的序列。然后再ncbi上进行blast比对，拥有DNA的特殊结构域的则为我所要扩的序列。这样子的做法可以吗？
赞一下 回复此楼
3楼2015-01-12 15:55:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

晞朔

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
如果该物种基因组序列已知，直接NCBI就能找出来。如果未知，就只能通过已知的同源序列用Tail，race去扩增。如果你有基因组或转录组的本地数据库，那就直接比对出来，设计引物扩增。
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2015-01-12 10:07:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

晞朔

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 键盘上的脚丫 at 2015-01-12 15:55:33
我有本地的数据库，我现在的做法是在基因组里面筛选注释为：DNA甲基化转移酶  的序列。然后再ncbi上进行blast比对，拥有DNA的特殊结构域的则为我所要扩的序列。这样子的做法可以吗？...

那你为何不用本地BLAST出来的序列直接设计引物扩增呢？
赞一下 回复此楼
4楼2015-01-12 16:09:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

键盘上的脚丫

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 晞朔 at 2015-01-12 16:09:48
那你为何不用本地BLAST出来的序列直接设计引物扩增呢？...

我不确定筛选出来的序列是否就是我要的含有DNA甲基化结构域的序列。所以才用ncbi进行比对，确定之后，再用本地blast的那个序列做的引物设计。这样没问题吧
赞一下 回复此楼
5楼2015-01-12 16:21:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿哈尔滨工业大学材料与化工方向336分 +8 辰沐5211314 2026-03-26 8/400 2026-03-28 11:25 by xuxiang
[考研] 083000学硕274求调剂 +7 Li李鱼 2026-03-26 7/350 2026-03-28 08:01 by baoball
[考研] 269专硕求调剂 +10 金恩贝 2026-03-21 10/500 2026-03-27 15:10 by caszguilin
[考研] 334求调剂 +3 雨清天晴 2026-03-21 3/150 2026-03-27 11:30 by 不吃魚的貓
[论文投稿] Journal of Mechanical Science and Technology +3 Russ_ss 2026-03-25 5/250 2026-03-27 10:49 by 陆小果画大饼
[考研] 一志愿陕师大生物学071000，298分，求调剂 +5 SYA！ 2026-03-23 5/250 2026-03-27 09:29 by 不吃魚的貓
[考研] 324求调剂 +8 hanamiko 2026-03-26 10/500 2026-03-27 08:06 by hypershenger
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +3 崔wj 2026-03-26 3/150 2026-03-27 07:58 by chemisry
[考研] 329求调剂 +7 钮恩雪 2026-03-25 7/350 2026-03-27 04:28 by wxiongid
[考研] 071000生物学求调剂，初试成绩343 +6 小小甜面团 2026-03-25 6/300 2026-03-26 23:01 by 不吃魚的貓
[考研] 求调剂 一志愿 本科 北科大 化学 343 +6 13831862839 2026-03-24 7/350 2026-03-26 22:57 by 不吃魚的貓
[考研] 一志愿华理，数一英一285求A区调剂 +8 AZMK 2026-03-25 10/500 2026-03-26 22:37 by 学员8dgXkO
[考研] 085601求调剂总分293英一数二 +4 钢铁大炮 2026-03-24 4/200 2026-03-26 16:28 by dick_runner
[考研] 调剂310 +3 温柔的晚安 2026-03-25 4/200 2026-03-25 23:16 by peike
[考研] 一志愿南航 335分 | 0856材料化工 | GPA 4.07 | 有科研经历 +6 cccchenso 2026-03-23 6/300 2026-03-25 22:25 by 544594351
[考研] 上海电力大学材料防护与新材料重点实验室招收调剂研究生（材料、化学、电化学，环境） +4 我爱学电池 2026-03-23 4/200 2026-03-25 00:59 by 1027_324
[考研] 调剂 +4 13853210211 2026-03-24 4/200 2026-03-24 19:44 by ms629
[考研] 求调剂 +6 研研，接电话 2026-03-24 7/350 2026-03-24 17:01 by barlinike
[考研] 280分求调剂 一志愿085802 +4 PUMPT 2026-03-22 7/350 2026-03-22 22:13 by 星空星月
[考研] 求调剂 +4 要好好无聊 2026-03-21 4/200 2026-03-21 18:57 by 学员8dgXkO
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭