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键盘上的脚丫

金虫 (小有名气)

[求助] 怎么使用KEGG，NCBI等方法确认基因。 已有1人参与

查找一下 DNA 甲基转移酶(DNA methyltransferase, DNMT），这个基因在某个物种的转录组和基因组中的序列，然后做一下它的全长。


求确切的比对方法。
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1楼 2015-01-12 09:59:20
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晞朔

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
如果该物种基因组序列已知，直接NCBI就能找出来。如果未知，就只能通过已知的同源序列用Tail，race去扩增。如果你有基因组或转录组的本地数据库，那就直接比对出来，设计引物扩增。
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2楼2015-01-12 10:07:12
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键盘上的脚丫

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 晞朔 at 2015-01-12 10:07:12
如果该物种基因组序列已知，直接NCBI就能找出来。如果未知，就只能通过已知的同源序列用Tail，race去扩增。如果你有基因组或转录组的本地数据库，那就直接比对出来，设计引物扩增。

我有本地的数据库，我现在的做法是在基因组里面筛选注释为：DNA甲基化转移酶  的序列。然后再ncbi上进行blast比对，拥有DNA的特殊结构域的则为我所要扩的序列。这样子的做法可以吗？
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3楼2015-01-12 15:55:33
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晞朔

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 键盘上的脚丫 at 2015-01-12 15:55:33
我有本地的数据库，我现在的做法是在基因组里面筛选注释为：DNA甲基化转移酶  的序列。然后再ncbi上进行blast比对，拥有DNA的特殊结构域的则为我所要扩的序列。这样子的做法可以吗？...

那你为何不用本地BLAST出来的序列直接设计引物扩增呢？
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4楼2015-01-12 16:09:48
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键盘上的脚丫

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 晞朔 at 2015-01-12 16:09:48
那你为何不用本地BLAST出来的序列直接设计引物扩增呢？...

我不确定筛选出来的序列是否就是我要的含有DNA甲基化结构域的序列。所以才用ncbi进行比对，确定之后，再用本地blast的那个序列做的引物设计。这样没问题吧
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5楼2015-01-12 16:21:03
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晞朔

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 键盘上的脚丫 at 2015-01-12 16:21:03
我不确定筛选出来的序列是否就是我要的含有DNA甲基化结构域的序列。所以才用ncbi进行比对，确定之后，再用本地blast的那个序列做的引物设计。这样没问题吧...

个人觉得，没问题。
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键盘上的脚丫
6楼2015-01-12 16:35:24
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键盘上的脚丫

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by 晞朔 at 2015-01-12 16:35:24
个人觉得，没问题。...

好的，谢谢
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7楼2015-01-12 18:50:36
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