应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 怎么使用KEGG，NCBI等方法确认基因。
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
71/1返回列表
查看: 3716  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

键盘上的脚丫

金虫 (小有名气)

[求助] 怎么使用KEGG，NCBI等方法确认基因。 已有1人参与

查找一下 DNA 甲基转移酶(DNA methyltransferase, DNMT），这个基因在某个物种的转录组和基因组中的序列，然后做一下它的全长。


求确切的比对方法。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-01-12 09:59:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

晞朔

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
如果该物种基因组序列已知，直接NCBI就能找出来。如果未知，就只能通过已知的同源序列用Tail，race去扩增。如果你有基因组或转录组的本地数据库，那就直接比对出来，设计引物扩增。
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2015-01-12 10:07:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

键盘上的脚丫

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 晞朔 at 2015-01-12 10:07:12
如果该物种基因组序列已知，直接NCBI就能找出来。如果未知，就只能通过已知的同源序列用Tail，race去扩增。如果你有基因组或转录组的本地数据库，那就直接比对出来，设计引物扩增。

我有本地的数据库，我现在的做法是在基因组里面筛选注释为：DNA甲基化转移酶  的序列。然后再ncbi上进行blast比对，拥有DNA的特殊结构域的则为我所要扩的序列。这样子的做法可以吗？
赞一下 回复此楼
3楼2015-01-12 15:55:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

晞朔

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 键盘上的脚丫 at 2015-01-12 15:55:33
我有本地的数据库，我现在的做法是在基因组里面筛选注释为：DNA甲基化转移酶  的序列。然后再ncbi上进行blast比对，拥有DNA的特殊结构域的则为我所要扩的序列。这样子的做法可以吗？...

那你为何不用本地BLAST出来的序列直接设计引物扩增呢？
赞一下 回复此楼
4楼2015-01-12 16:09:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

键盘上的脚丫

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 晞朔 at 2015-01-12 16:09:48
那你为何不用本地BLAST出来的序列直接设计引物扩增呢？...

我不确定筛选出来的序列是否就是我要的含有DNA甲基化结构域的序列。所以才用ncbi进行比对，确定之后，再用本地blast的那个序列做的引物设计。这样没问题吧
赞一下 回复此楼
5楼2015-01-12 16:21:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

晞朔

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 键盘上的脚丫 at 2015-01-12 16:21:03
我不确定筛选出来的序列是否就是我要的含有DNA甲基化结构域的序列。所以才用ncbi进行比对，确定之后，再用本地blast的那个序列做的引物设计。这样没问题吧...

个人觉得，没问题。
回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

键盘上的脚丫
6楼2015-01-12 16:35:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

键盘上的脚丫

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by 晞朔 at 2015-01-12 16:35:24
个人觉得，没问题。...

好的，谢谢
回复此楼
7楼2015-01-12 18:50:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 键盘上的脚丫 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 学硕274求调剂 +13 Li李鱼 2026-03-26 13/650 2026-03-31 08:17 by jp9609
[考研] 085404 22408 315分 +3 zhuangyan123 2026-03-31 3/150 2026-03-31 07:57 by 机械调剂-北石化
[考研] 085601一志愿中山大学深圳材料工程330求调剂 +5 pipiver 2026-03-30 5/250 2026-03-31 07:37 by JourneyLucky
[考研] 370求调剂 +3 080700调剂 2026-03-30 3/150 2026-03-31 01:09 by A_Zhe
[考研] 281求调剂 +5 亚克西good 2026-03-26 7/350 2026-03-30 20:42 by dophin1985
[考研] 289求调剂 +16 新时代材料 2026-03-27 16/800 2026-03-30 19:04 by Wang200018
[有机交流] 考研调剂 +8 watb 2026-03-26 8/400 2026-03-30 18:40 by 544594351
[考研] 085404求调剂，总分309，本科经历较为丰富 +6 来财aa 2026-03-25 6/300 2026-03-30 09:48 by 青海小西牛
[考研] 275求调剂 +15 Micky11223 2026-03-25 20/1000 2026-03-29 20:44 by 唐沐儿
[考研] 349求调剂 +6 李木子啊哈哈 2026-03-25 6/300 2026-03-29 12:47 by 无际的草原
[考研] 0856材料化工调剂 总分330 +14 zhubinhao 2026-03-27 14/700 2026-03-29 10:01 by Sjndkwm
[考研] 352分-085602-一志愿985 +5 海纳百川Ly 2026-03-29 5/250 2026-03-29 09:57 by Sjndkwm
[考研] 321求调剂 +7 璞玉~~ 2026-03-25 8/400 2026-03-29 06:41 by 544594351
[考研] 11408软件工程求调剂 +3 Qiu学ing 2026-03-28 3/150 2026-03-28 21:50 by zhq0425
[考研] 266分，求材料冶金能源化工等调剂 +7 哇呼哼呼哼 2026-03-27 9/450 2026-03-28 12:22 by zllcz
[考研] 材料求调剂一志愿哈工大324 +7 闫旭东 2026-03-28 9/450 2026-03-28 08:51 by Xu de nuo
[考研] 331环境科学与工程求调剂 +3 熠然好运气 2026-03-27 3/150 2026-03-28 04:11 by fmesaito
[考研] 265求调剂 +8 小木虫085600 2026-03-27 8/400 2026-03-27 22:16 by 无际的草原
[考研] 085600，材料与化工321分，求调剂 +9 大馋小子 2026-03-27 9/450 2026-03-27 14:30 by mmm just
[考研] 求调剂 +6 林之夕 2026-03-24 6/300 2026-03-27 08:38 by hypershenger
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭