应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 怎么使用KEGG，NCBI等方法确认基因。
71/1返回列表
查看: 3702  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

键盘上的脚丫

金虫 (小有名气)

[求助] 怎么使用KEGG，NCBI等方法确认基因。 已有1人参与

查找一下 DNA 甲基转移酶(DNA methyltransferase, DNMT），这个基因在某个物种的转录组和基因组中的序列，然后做一下它的全长。


求确切的比对方法。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-01-12 09:59:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

晞朔

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
如果该物种基因组序列已知，直接NCBI就能找出来。如果未知，就只能通过已知的同源序列用Tail，race去扩增。如果你有基因组或转录组的本地数据库，那就直接比对出来，设计引物扩增。
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2015-01-12 10:07:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

键盘上的脚丫

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 晞朔 at 2015-01-12 10:07:12
如果该物种基因组序列已知，直接NCBI就能找出来。如果未知，就只能通过已知的同源序列用Tail，race去扩增。如果你有基因组或转录组的本地数据库，那就直接比对出来，设计引物扩增。

我有本地的数据库，我现在的做法是在基因组里面筛选注释为：DNA甲基化转移酶  的序列。然后再ncbi上进行blast比对，拥有DNA的特殊结构域的则为我所要扩的序列。这样子的做法可以吗？
赞一下 回复此楼
3楼2015-01-12 15:55:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

晞朔

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 键盘上的脚丫 at 2015-01-12 15:55:33
我有本地的数据库，我现在的做法是在基因组里面筛选注释为：DNA甲基化转移酶  的序列。然后再ncbi上进行blast比对，拥有DNA的特殊结构域的则为我所要扩的序列。这样子的做法可以吗？...

那你为何不用本地BLAST出来的序列直接设计引物扩增呢？
赞一下 回复此楼
4楼2015-01-12 16:09:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

键盘上的脚丫

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 晞朔 at 2015-01-12 16:09:48
那你为何不用本地BLAST出来的序列直接设计引物扩增呢？...

我不确定筛选出来的序列是否就是我要的含有DNA甲基化结构域的序列。所以才用ncbi进行比对，确定之后，再用本地blast的那个序列做的引物设计。这样没问题吧
赞一下 回复此楼
5楼2015-01-12 16:21:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

晞朔

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 键盘上的脚丫 at 2015-01-12 16:21:03
我不确定筛选出来的序列是否就是我要的含有DNA甲基化结构域的序列。所以才用ncbi进行比对，确定之后，再用本地blast的那个序列做的引物设计。这样没问题吧...

个人觉得，没问题。
回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

键盘上的脚丫
6楼2015-01-12 16:35:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

键盘上的脚丫

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by 晞朔 at 2015-01-12 16:35:24
个人觉得，没问题。...

好的，谢谢
回复此楼
7楼2015-01-12 18:50:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 键盘上的脚丫 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 335求调剂 +4 yuyu宇 2026-03-23 5/250 2026-03-23 23:49 by Txy@872106
[考研] 求调剂 +7 十三加油 2026-03-21 7/350 2026-03-23 23:48 by 热情沙漠
[考研] 一志愿北京化工大学 070300 学硕 336分 求调剂 +7 vv迷 2026-03-22 7/350 2026-03-23 23:44 by Txy@872106
[考研] 0703化学求调剂 +4 奶油草莓. 2026-03-22 5/250 2026-03-23 19:37 by pswait
[考研] 328求调剂 +4 LHHL66 2026-03-23 4/200 2026-03-23 14:55 by lbsjt
[考研] 工科材料085601 279求调剂 +8 困于星晨 2026-03-17 10/500 2026-03-23 13:05 by 醉在风里
[考研] 求调剂一志愿海大，0703化学学硕304分，有大创项目，四级已过 +6 幸运哩哩 2026-03-22 10/500 2026-03-22 20:10 by edmund7
[考研] 319求调剂 +4 小力气珂珂 2026-03-20 4/200 2026-03-22 15:53 by ColorlessPI
[基金申请] 山东省面上项目限额评审 +4 石瑞0426 2026-03-19 4/200 2026-03-22 08:50 by Wei_ren
[考研] 材料与化工（0856）304求B区调剂 +3 邱gl 2026-03-20 7/350 2026-03-21 19:05 by 15709483992
[考研] 【考研调剂】化学专业 281分，一志愿四川大学，诚心求调剂 +11 吃吃吃才有意义 2026-03-19 11/550 2026-03-21 18:23 by 学员8dgXkO
[考研] 311求调剂 +3 勇敢的小吴 2026-03-20 3/150 2026-03-21 17:40 by ColorlessPI
[考研] 313求调剂 +4 肆叁贰壹22 2026-03-19 4/200 2026-03-21 17:33 by ColorlessPI
[基金申请] 学校已经提交到NSFC，还能修改吗？ 40+4 babangida 2026-03-19 9/450 2026-03-21 16:12 by babangida
[考研] 268求调剂 +9 简单点0 2026-03-17 9/450 2026-03-21 15:37 by lature00
[考研] 265求调剂 +12 梁梁校校 2026-03-19 14/700 2026-03-21 13:38 by lature00
[考研] 307求调剂 +3 wyyyqx 2026-03-17 3/150 2026-03-21 03:20 by JourneyLucky
[考研] 296求调剂 +6 www_q 2026-03-18 10/500 2026-03-20 23:56 by JourneyLucky
[考研] 一志愿武汉理工材料工程专硕调剂 +9 Doleres 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:36 by JourneyLucky
[考研] 085410人工智能专硕317求调剂（0854都可以） +4 xbxudjdn 2026-03-18 4/200 2026-03-20 09:07 by 不168
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭