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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock使用时grid打开pdb文件打不开为什么，是不是软件安装有问题
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fan728516414

银虫 (小有名气)

[求助] autodock使用时grid打开pdb文件打不开为什么，是不是软件安装有问题 已有1人参与

到这步用不了了，要保存成pdbqt格式。
点击Grid→Macromolecule→Open→lock.pdb打开大分子文件，如有对话框弹出点击OK即可，由于MGL Tools对某些金属离子的电荷无法自动加，故在此例中对话框会提示你MN离子为零价。保存好lock.pdbqt文件后在文件夹中打开lock.pdbqt，此时即以文档形式打开，里面包含了各原子的电荷信息。一般金属原子的电荷都在最后几排。
这不实现不了，lock.pdb文件打不开，而在Chimera中能打开。
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tooyoungtoosimple
1楼 2014-12-13 18:36:01
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fan728516414

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by XUEZEXU at 2014-12-14 20:26:37
好久不用autodock了!

那还会不
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tooyoungtoosimple
5楼2014-12-14 20:29:19
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wbf3ng

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
fan728516414: 金币+5, ★有帮助, 要是能教教我就好啦 2014-12-19 17:18:11
受体大分子pdb要转变为pdbqt,还要经过去水，加氢加电荷的处理，不是一步另存为就行的。

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2楼2014-12-13 20:20:35
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fan728516414

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wbf3ng at 2014-12-13 20:20:35
受体大分子pdb要转变为pdbqt,还要经过去水，加氢加电荷的处理，不是一步另存为就行的。

额 我是按照那个步骤来的，像你说的是另存对了，可是这步就打不开，主要是pdb文件都没打开。是不是ADT安装有问题啊
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tooyoungtoosimple
3楼2014-12-13 21:29:09
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XUEZEXU

铜虫 (正式写手)
好久不用autodock了!

[ 发自小木虫客户端 ]
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成功得人在成功之前注定是孤独的
4楼2014-12-14 20:26:37
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