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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 请问引物设计为何要进行同源性分析，找出保守序列？
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jingmi

新虫 (正式写手)

[求助] 请问引物设计为何要进行同源性分析，找出保守序列？ 已有4人参与

大家好。本人只是做过简单的PCR实验。现在刚接触引物设计这块，完全不懂。常看到说：进行同源性分析，找出保守序列？请问怎么理解，为何要这么做？谢谢！
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1楼 2014-12-02 11:28:10
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zshw_001

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
同问，一个同门说找的越保守越好，为啥呢，疑惑中。
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永远相信未知的总是美好的！
2楼2014-12-02 17:35:22
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jingmi(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-12-02 18:40:48
jingmi: 金币+2 2015-02-02 16:32:19
你若做同源克隆，利用其他物种的序列信息，越保守的区段差异越小，利用保守性高的片段设计引物，这样才能够在你所用的材料上工作。
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hehe
3楼2014-12-02 17:40:54
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意萧02

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jingmi: 金币+2 2015-02-02 16:32:15
越保守，扩出的条带越特异，你说呢？

[ 发自小木虫客户端 ]
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4楼2014-12-02 17:45:28
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人车

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jingmi: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2015-02-02 16:32:08
这种情况是在网上找不出已经登录的全基因序列 无法设计特异性引物直接扩增
所以才需要分析同源性 找到保守区 先扩增出保守区 之后再扩增两翼  最后拼接获得全长
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5楼2014-12-03 16:28:22
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jingmi

新虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 人车 at 2014-12-03 16:28:22
这种情况是在网上找不出已经登录的全基因序列 无法设计特异性引物直接扩增
所以才需要分析同源性 找到保守区 先扩增出保守区 之后再扩增两翼  最后拼接获得全长

你好！谢谢您的回答：
请问这段话怎么理解？
“在 Genbank中下载沙门氏菌invA基因的全长序列65条，把65条invA基因全长序列导入Mega 4软件中，使用 alignment功能比对分析invA基因的保守序列，获得保守序列区段。”

这段中65条invA基因序列是不一样的吗？会有细微的差别？
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6楼2015-02-02 16:15:18
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人车

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jingmi at 2015-02-02 16:15:18
你好！谢谢您的回答：
请问这段话怎么理解？
“在 Genbank中下载沙门氏菌invA基因的全长序列65条，把65条invA基因全长序列导入Mega 4软件中，使用 alignment功能比对分析invA基因的保守序列，获得保守序列区段。 ...

嗯 这个说的就是已经公布的序列 是在GenBank里找到的
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7楼2015-02-04 15:29:45
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