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jingmi

新虫 (正式写手)

[求助] 请问引物设计为何要进行同源性分析,找出保守序列? 已有4人参与

大家好。本人只是做过简单的PCR实验。现在刚接触引物设计这块,完全不懂。常看到说:进行同源性分析,找出保守序列?请问怎么理解,为何要这么做?谢谢!
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jingmi

新虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 人车 at 2014-12-03 16:28:22
这种情况是在网上找不出已经登录的全基因序列 无法设计特异性引物直接扩增
所以才需要分析同源性 找到保守区 先扩增出保守区 之后再扩增两翼  最后拼接获得全长

你好!谢谢您的回答:
请问这段话怎么理解?
“在 Genbank中下载沙门氏菌invA基因的全长序列65条,把65条invA基因全长序列导入Mega 4软件中,使用 alignment功能比对分析invA基因的保守序列,获得保守序列区段。”

这段中65条invA基因序列是不一样的吗?会有细微的差别?
6楼2015-02-02 16:15:18
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zshw_001

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
同问,一个同门说找的越保守越好,为啥呢,疑惑中。
永远相信未知的总是美好的!
2楼2014-12-02 17:35:22
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jingmi(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-12-02 18:40:48
jingmi: 金币+2 2015-02-02 16:32:19
你若做同源克隆,利用其他物种的序列信息,越保守的区段差异越小,利用保守性高的片段设计引物,这样才能够在你所用的材料上工作。
hehe
3楼2014-12-02 17:40:54
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意萧02

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jingmi: 金币+2 2015-02-02 16:32:15
越保守,扩出的条带越特异,你说呢?

[ 发自小木虫客户端 ]
4楼2014-12-02 17:45:28
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