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yin1110

铜虫 (小有名气)

[求助] 系统发育树构建出来效果不理想,求助,谢谢! 已有4人参与

各位高人,我分离鉴定腐败菌,将5个未知菌株通过PCR扩增测序后,NCBI上比对,分别下载了1-2个序列,将所有序列放一起做系统发育树,但结果不理想。求助,谢谢你们!

系统发育树构建出来效果不理想,求助,谢谢!
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yin1110

铜虫 (小有名气)

坐等大神
2楼2014-11-15 15:41:07
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xlwujian520

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
laozuzunzhe: 金币+2, 鼓励新虫应助! 2014-12-02 21:00:13
是不是没注意全基因序列还是截取的个片段?注意截取的片段是不是和自己的片段一样长.再作比对。建议多搜索一些片段,然后找到和自己目的片段长度一样的种属进行进化分析
做最好的自己
3楼2014-12-02 19:32:23
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fqingyang15

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

虽然我懂,但是我要帮你上去
中国总代-Crystalaser激光器;TMC隔振平台;EXCITON染料,AVESTA飞秒,block量子级联,EDMUND/newport/thorlabs光学光电实验仪器设备!
4楼2014-12-02 21:56:52
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竹子小小

木虫 (小有名气)

楼主用的是什么软件和哪个模型做的,一般我是用mega5,k-2模型,bootstrap值1000来做,还有细菌的序列最好是用已发表的典型菌株来做比对的,你最好去ezbiocloud上面下序列吧,ncbi有点杂。
5楼2014-12-03 08:26:47
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开小猫

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

我做16s的进化树也是去ezbiocloud下序列,多下一些序列做的话应该会好一些。
6楼2014-12-05 15:36:07
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离了枝头

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

确实感觉你的同源序列少了点。
7楼2014-12-08 13:43:54
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