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系统发育树构建出来效果不理想,求助,谢谢!
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yin1110
铜虫
(小有名气)
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专业: 动物生理及行为学
[
求助
]
系统发育树构建出来效果不理想,求助,谢谢!
已有4人参与
各位高人,我分离鉴定腐败菌,将5个未知菌株通过PCR扩增测序后,NCBI上比对,分别下载了1-2个序列,将所有序列放一起做系统发育树,但结果不理想。求助,谢谢你们!
7.png
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1楼
2014-11-15 13:41:49
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fqingyang15
银虫
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专业: 光学
【答案】应助回帖
虽然我懂,但是我要帮你上去
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中国总代-Crystalaser激光器;TMC隔振平台;EXCITON染料,AVESTA飞秒,block量子级联,EDMUND/newport/thorlabs光学光电实验仪器设备!
4楼
2014-12-02 21:56:52
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xlwujian520
铁虫
(初入文坛)
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专业: 基础兽医学
【答案】应助回帖
★ ★
laozuzunzhe: 金币+2, 鼓励新虫应助!
2014-12-02 21:00:13
是不是没注意全基因序列还是截取的个片段?注意截取的片段是不是和自己的片段一样长.再作比对。建议多搜索一些片段,然后找到和自己目的片段长度一样的种属进行进化分析
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做最好的自己
3楼
2014-12-02 19:32:23
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竹子小小
木虫
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注册: 2012-09-04
专业: 微生物资源与分类学
楼主用的是什么软件和哪个模型做的,一般我是用mega5,k-2模型,bootstrap值1000来做,还有细菌的序列最好是用已发表的典型菌株来做比对的,你最好去ezbiocloud上面下序列吧,ncbi有点杂。
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5楼
2014-12-03 08:26:47
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开小猫
木虫
(正式写手)
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虫号: 1460424
注册: 2011-10-25
性别:
MM
专业: 微生物资源与分类学
【答案】应助回帖
我做16s的进化树也是去ezbiocloud下序列,多下一些序列做的话应该会好一些。
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6楼
2014-12-05 15:36:07
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