| 查看: 3336 | 回复: 2 | |||
zhuimeng08银虫 (正式写手)
|
[交流]
gromacs 计算二面角 已有2人参与
|
|
我用的命令;g_angle -f md.xtc -n angle.ndx -oc dihan.xvg 报的错误：Fatal error: number of index elements not multiple of 3, these can not be angle triplets 求帮助！！！！！ 但是说明：g_angle computes the angle distribution for a number of angles or dihedrals. With option -ov, you can plot the average angle of a group of angles as a function of time. With the -all option, the first graph is the average and the rest are the individual angles. With the -of option, g_angle also calculates the fraction of trans dihedrals (only for dihedrals) as function of time, but this is probably only fun for a select few. With option -oc, a dihedral correlation function is calculated. It should be noted that the index file must contain atom triplets for angles or atom quadruplets for dihedrals. If this is not the case, the program will crash. With option -or, a trajectory file is dumped containing cos and sin of selected dihedral angles, which subsequently can be used as input for a principal components analysis using g_covar. Option -ot plots when transitions occur between dihedral rotamers of multiplicity 3 and -oh records a histogram of the times between such transitions, assuming the input trajectory frames are equally spaced in time. 应该没有问题呀，奇怪了就是算不了！ |
回复此楼» 猜你喜欢
材料考研求调剂总分280
已经有3人回复
-
求调剂
已经有4人回复
-
材料调剂
已经有10人回复
-
求调剂到材料
已经有3人回复
-
化工求调剂！
已经有9人回复
-
301求调剂
已经有13人回复
-
308求调剂
已经有13人回复
-
材料工程310专硕调剂
已经有15人回复
-
304求调剂
已经有9人回复
-
081700，311，求调剂
已经有16人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 关于使用gromacs计算蛋白质中每个氨基酸的RMSD值随时间的变化
已经有5人回复
- gromacs中加入离子的个数计算问题
已经有5人回复
- 求助：gromacs怎样进行REMD的计算？
已经有4人回复
- 环己烷在gromacs中的gromos45a3力场中的itp文件怎么写？
已经有12人回复
- gromacs运行问题
已经有9人回复
- gromacs蛋白计算结束后老是跑出盒子
已经有19人回复
- GROMACS运行完后的结果分析
已经有4人回复
- gromacs 模拟出现周期性问题
已经有6人回复
- 求质心，粗粒化后的参数获取
已经有10人回复
- gromacs 添加新的力场pdb2gmx报错
已经有5人回复
- 又是一个问题，关于二面角的？？？
已经有6人回复
- gromacs计算时原系统带电荷，如何添加离子中和电性？
已经有8人回复
- 如何改变MS中分子模型的二面角
已经有3人回复
- 固定一个键长的同时 扫描二面角？
已经有11人回复
- 请教GROMACS安装
已经有8人回复
- GROMACS 小分子top文件
已经有9人回复
- gromacs运行出错，求方案，谢谢！！！
已经有6人回复
- 求Gromacs中Glycam力场数据包。。非常感谢
已经有5人回复
- 为什么我两次二面角扫描的结果不同？
已经有6人回复
- Gromacs怎么分析氢键存活时间？
已经有13人回复
- 【转帖】GROMACS分析程序讨论，在gromacs中添加Amber力场
已经有8人回复
- 【求助】GROMACS分析二面角随时间的变化
已经有4人回复
- 【求助】gromacs出现了一个问题
已经有10人回复
- 【求助】求一个gromacs的中文教程，包括安装的部分，小弟新手，从零学起
已经有8人回复
- 【求助】求GROMACS模拟表面活性剂在油水表面的行为的例子
已经有7人回复
2楼2014-11-07 10:48:30
3楼2017-11-09 11:02:59
