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ludeng

新虫 (小有名气)

[求助] 固定一个键长的同时 扫描二面角？

如图所示，我想在C1-C2键长不变的情况下，扫描C5-C1-C2-N3二面角，主要目的是看 C1-C5和C2-N3的何种取向下，整体结构的能量最低。
请问 怎样才能固定一个键长的同时 扫描二面角？
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可惜不是你
1楼 2012-04-10 09:55:24
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

070241078

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+2 2012-04-10 15:36:37
可以先优化出来一个构型，然后以该构型为基础进行势能面扫描，采用Z-矩阵定义变量。扫描时的关键字opt=modredundant,在输入文件的变量定义部分指定要扫描的坐标，如D 5 1 2 3 1.00（初始值） S 10(步数) 10.00（步长）
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2楼2012-04-10 10:51:22
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普通回帖

ludeng

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 070241078 at 2012-04-10 10:51:22:
可以先优化出来一个构型，然后以该构型为基础进行势能面扫描，采用Z-矩阵定义变量。扫描时的关键字opt=modredundant,在输入文件的变量定义部分指定要扫描的坐标，如D 5 1 2 3 1.00（初始值） S 10(步数) 10.00（步 ...

那我C1-C2的键长该如何固定？我想C1-C2的键长在扫描过程中保持不变
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可惜不是你
3楼2012-04-10 12:43:48
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飘逸110

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+2 2012-04-10 15:36:33
建议采用刚性扫描势能面！柔性的势能扫描健长会改变的！070241078给你的就是柔性的扫描，每改变一次二面角度，相应的构型通过健长，键角的改变优化后得到一个最小的能量，不能满足你的要求的！
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4楼2012-04-10 15:08:13
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ludeng

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 飘逸110 at 2012-04-10 15:08:13:
建议采用刚性扫描势能面！柔性的势能扫描健长会改变的！070241078给你的就是柔性的扫描，每改变一次二面角度，相应的构型通过健长，键角的改变优化后得到一个最小的能量，不能满足你的要求的！

请问 该怎么设置呢? O(∩_∩)O谢谢~
#  b3lyp/3-21g scf=(maxcyc=400,conver=5) scan
0 1
C
C                  1                            2.26578598
C                  2              B2    1              A1
C                  3              B3    2              A2    1              D1
...
...
   D51         -138.49152090
   D52          106.36177546
   D53           58.89876470
   D54          177.81778366
   D55          -63.38028521

   D33 36 1 2 8         74.04638379  24 -15

C1-C2的键长我在上面用光了常量，然后在最后面写出了二面角的变化信息，但跑出来的结果貌似很不对...
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可惜不是你
5楼2012-04-10 16:31:17
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ludeng

新虫 (小有名气)
请问 改怎么设置呢?
#  b3lyp/3-21g scf=(maxcyc=400,conver=5) scan
0 1
C
C                  1                            2.26578598
C                  2              B2    1              A1
C                  3              B3    2              A2    1              D1
...
...
   D51         -138.49152090
   D52          106.36177546
   D53           58.89876470
   D54          177.81778366
   D55          -63.38028521

   D33 36 1 2 8         74.04638379  24 -15

C1-C2的键长我在上面用光了常量，然后在最后面写出了二面角的变化信息，但跑出来的结果貌似很不对...
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可惜不是你
6楼2012-04-10 16:32:21
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飘逸110

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

最笨的方法就是，改变一个角度计算一个能量！弄一堆输入文件，在linux计算，将计算的能量提取出来作图！个人见解。。。还望高手赐教！
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7楼2012-04-10 18:51:08
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ldzh0531

木虫 (小有名气)
我用SCAN时也遇到了一个问题，就是扫描二面角的时候出来的结果只是一个原子动，我想要的结果是单键的旋转。请问怎么改正。
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8楼2012-04-10 20:51:47
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飘逸110

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by ldzh0531 at 2012-04-10 20:51:47:
我用SCAN时也遇到了一个问题，就是扫描二面角的时候出来的结果只是一个原子动，我想要的结果是单键的旋转。请问怎么改正。

呵呵。。
我就是这样出错了！没办法就人为的改角度算能量咯！
同道中人！
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9楼2012-04-10 21:32:29
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ludeng

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by ldzh0531 at 2012-04-10 20:51:47:
我用SCAN时也遇到了一个问题，就是扫描二面角的时候出来的结果只是一个原子动，我想要的结果是单键的旋转。请问怎么改正。

# opt=modredundant ....
...
...
...

D 6 5 4 3 30.0（初始角度） s（scan简写） 5（步数） 10.0（步长）

比如你要扫描二面角6-5-4-3，在z-矩阵中将要扫描的二面角那一行的键长、键角、二面角都用数值代替，然后将下面变量信息中的数值删掉，就可以了
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可惜不是你
10楼2012-04-10 21:37:22
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