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ludeng

新虫 (小有名气)

[求助] 固定一个键长的同时 扫描二面角?

如图所示,我想在C1-C2键长不变的情况下,扫描C5-C1-C2-N3二面角,主要目的是看 C1-C5和C2-N3的何种取向下,整体结构的能量最低。
请问 怎样才能固定一个键长的同时 扫描二面角?
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可惜不是你
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ludeng

新虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by ldzh0531 at 2012-04-10 20:51:47:
我用SCAN时也遇到了一个问题,就是扫描二面角的时候出来的结果只是一个原子动,我想要的结果是单键的旋转。请问怎么改正。

# opt=modredundant ....
...
...
...

D 6 5 4 3 30.0(初始角度) s(scan简写) 5(步数) 10.0(步长)

比如你要扫描二面角6-5-4-3,在z-矩阵中将要扫描的二面角那一行的键长、键角、二面角都用数值代替,然后将下面变量信息中的数值删掉,就可以了
可惜不是你
10楼2012-04-10 21:37:22
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查看全部 12 个回答

070241078

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gmy1990: 金币+2 2012-04-10 15:36:37
可以先优化出来一个构型,然后以该构型为基础进行势能面扫描,采用Z-矩阵定义变量。扫描时的关键字opt=modredundant,在输入文件的变量定义部分指定要扫描的坐标,如D 5 1 2 3 1.00(初始值) S 10(步数) 10.00(步长)
2楼2012-04-10 10:51:22
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ludeng

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 070241078 at 2012-04-10 10:51:22:
可以先优化出来一个构型,然后以该构型为基础进行势能面扫描,采用Z-矩阵定义变量。扫描时的关键字opt=modredundant,在输入文件的变量定义部分指定要扫描的坐标,如D 5 1 2 3 1.00(初始值) S 10(步数) 10.00(步 ...

那我C1-C2的键长该如何固定?我想C1-C2的键长在扫描过程中保持不变
可惜不是你
3楼2012-04-10 12:43:48
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飘逸110

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gmy1990: 金币+2 2012-04-10 15:36:33
建议采用刚性扫描势能面!柔性的势能扫描健长会改变的!070241078给你的就是柔性的扫描,每改变一次二面角度,相应的构型通过健长,键角的改变优化后得到一个最小的能量,不能满足你的要求的!
4楼2012-04-10 15:08:13
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