应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 固定一个键长的同时 扫描二面角？
121/2返回列表12下一页
查看: 3005  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

ludeng

新虫 (小有名气)

[求助] 固定一个键长的同时 扫描二面角？

如图所示，我想在C1-C2键长不变的情况下，扫描C5-C1-C2-N3二面角，主要目的是看 C1-C5和C2-N3的何种取向下，整体结构的能量最低。
请问 怎样才能固定一个键长的同时 扫描二面角？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

过渡态计算

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
可惜不是你
1楼 2012-04-10 09:55:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

070241078

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+2 2012-04-10 15:36:37
可以先优化出来一个构型，然后以该构型为基础进行势能面扫描，采用Z-矩阵定义变量。扫描时的关键字opt=modredundant,在输入文件的变量定义部分指定要扫描的坐标，如D 5 1 2 3 1.00（初始值） S 10(步数) 10.00（步长）
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2012-04-10 10:51:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

ludeng

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 070241078 at 2012-04-10 10:51:22:
可以先优化出来一个构型，然后以该构型为基础进行势能面扫描，采用Z-矩阵定义变量。扫描时的关键字opt=modredundant,在输入文件的变量定义部分指定要扫描的坐标，如D 5 1 2 3 1.00（初始值） S 10(步数) 10.00（步 ...

那我C1-C2的键长该如何固定？我想C1-C2的键长在扫描过程中保持不变
赞一下 回复此楼
可惜不是你
3楼2012-04-10 12:43:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

飘逸110

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+2 2012-04-10 15:36:33
建议采用刚性扫描势能面！柔性的势能扫描健长会改变的！070241078给你的就是柔性的扫描，每改变一次二面角度，相应的构型通过健长，键角的改变优化后得到一个最小的能量，不能满足你的要求的！
赞一下 回复此楼
4楼2012-04-10 15:08:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ludeng

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 飘逸110 at 2012-04-10 15:08:13:
建议采用刚性扫描势能面！柔性的势能扫描健长会改变的！070241078给你的就是柔性的扫描，每改变一次二面角度，相应的构型通过健长，键角的改变优化后得到一个最小的能量，不能满足你的要求的！

请问 该怎么设置呢? O(∩_∩)O谢谢~
#  b3lyp/3-21g scf=(maxcyc=400,conver=5) scan
0 1
C
C                  1                            2.26578598
C                  2              B2    1              A1
C                  3              B3    2              A2    1              D1
...
...
   D51         -138.49152090
   D52          106.36177546
   D53           58.89876470
   D54          177.81778366
   D55          -63.38028521

   D33 36 1 2 8         74.04638379  24 -15

C1-C2的键长我在上面用光了常量，然后在最后面写出了二面角的变化信息，但跑出来的结果貌似很不对...
赞一下 回复此楼
可惜不是你
5楼2012-04-10 16:31:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ludeng

新虫 (小有名气)
请问 改怎么设置呢?
#  b3lyp/3-21g scf=(maxcyc=400,conver=5) scan
0 1
C
C                  1                            2.26578598
C                  2              B2    1              A1
C                  3              B3    2              A2    1              D1
...
...
   D51         -138.49152090
   D52          106.36177546
   D53           58.89876470
   D54          177.81778366
   D55          -63.38028521

   D33 36 1 2 8         74.04638379  24 -15

C1-C2的键长我在上面用光了常量，然后在最后面写出了二面角的变化信息，但跑出来的结果貌似很不对...
赞一下 回复此楼
可惜不是你
6楼2012-04-10 16:32:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

飘逸110

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

最笨的方法就是，改变一个角度计算一个能量！弄一堆输入文件，在linux计算，将计算的能量提取出来作图！个人见解。。。还望高手赐教！
赞一下 回复此楼
7楼2012-04-10 18:51:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ldzh0531

木虫 (小有名气)
我用SCAN时也遇到了一个问题，就是扫描二面角的时候出来的结果只是一个原子动，我想要的结果是单键的旋转。请问怎么改正。
赞一下 回复此楼
8楼2012-04-10 20:51:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

飘逸110

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by ldzh0531 at 2012-04-10 20:51:47:
我用SCAN时也遇到了一个问题，就是扫描二面角的时候出来的结果只是一个原子动，我想要的结果是单键的旋转。请问怎么改正。

呵呵。。
我就是这样出错了！没办法就人为的改角度算能量咯！
同道中人！
赞一下 回复此楼
9楼2012-04-10 21:32:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ludeng

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by ldzh0531 at 2012-04-10 20:51:47:
我用SCAN时也遇到了一个问题，就是扫描二面角的时候出来的结果只是一个原子动，我想要的结果是单键的旋转。请问怎么改正。

# opt=modredundant ....
...
...
...

D 6 5 4 3 30.0（初始角度） s（scan简写） 5（步数） 10.0（步长）

比如你要扫描二面角6-5-4-3，在z-矩阵中将要扫描的二面角那一行的键长、键角、二面角都用数值代替，然后将下面变量信息中的数值删掉，就可以了
赞一下 回复此楼
可惜不是你
10楼2012-04-10 21:37:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 ludeng 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 让我中一个面上吧！ +12 大萍1987 2026-08-20 15/750 2026-08-23 20:44 by 大萍1987
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +4 process2012 2026-08-23 5/250 2026-08-23 19:58 by jurkat.1640
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办？ +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 什么时候开奖？ +9 CrisMessi 2026-08-18 10/500 2026-08-23 12:03 by 丶昵称占用
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +7 且听虎啸 2026-08-17 8/400 2026-08-22 21:55 by 医学老男孩
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +3 炎黄贵胄 2026-08-22 4/200 2026-08-22 20:02 by mycsru
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +13 ziyangfang 2026-08-19 16/800 2026-08-22 17:08 by WH3796
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 时间戳今天，20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +16 医学老男孩 2026-08-20 20/1000 2026-08-21 21:13 by Ldrop2023
[基金申请] 科研孤儿太难了 +17 我4大白菜 2026-08-20 18/900 2026-08-21 20:57 by zhangev
[基金申请] 看来今天不会放榜了？ +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +7 angus9576 2026-08-17 12/600 2026-08-21 13:38 by weiyin
[基金申请] 我面上完蛋了 +7 且听虎啸 2026-08-20 8/400 2026-08-21 12:31 by 酷酷墨镜
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭