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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 怎样计算两个小分子间的结合能？
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qq281513350

铜虫 (初入文坛)

[求助] 怎样计算两个小分子间的结合能？ 已有1人参与

做分子印迹的，看到有文献报道可以使用Sybyl软件进行功能单体的筛选，通过计算模版分子与功能单体间的结合能（binding score）进行的。
但是查了些资料，发现大部分都是做的蛋白和配体的模拟计算，没有看到小分子和小分子之间计算的。
请教下这个方法，最好有教程。貌似dock等一系列软件都可以做的吧？

PS：文献在附件里面~
http://www.sciencedirect.com/sci ... i/S0956566301001919
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ac010840b
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1楼 2014-09-24 17:19:31
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lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
简单看了一下第一篇文献的计算介绍，实际上还是一个小分子对蛋白质的对接，只是因为这个口袋里面已经有一个配体，所以它在设置的时候选了这个配体作为原来的配体，然后用leapfrog的算法去分析对接分子与原来配体的一下差异然后打分，具体如何，就要看的算法了。所以还是小分子对蛋白质的对接应该。
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2楼2014-09-24 20:03:00
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qq281513350

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lrf1980 at 2014-09-24 20:03:00
简单看了一下第一篇文献的计算介绍，实际上还是一个小分子对蛋白质的对接，只是因为这个口袋里面已经有一个配体，所以它在设置的时候选了这个配体作为原来的配体，然后用leapfrog的算法去分析对接分子与原来配体的一 ...

其中mc-lr确实是多肽的，但是第二个里面是肌酸酐的，但是文中的描述和第一篇基本一样，所以想问下具体的操作方法
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3楼2014-09-25 13:12:40
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