| 查看: 3090 | 回复: 4 | |||
francesscototti至尊木虫 (职业作家)
|
[求助]
aoutodock计算中binding energy的问题
|
| 我在模拟一类同系物（不同碳链长度）与蛋白作用的时候，选取了每种小分子配体的能量最低构象，然后将小分子配体与蛋白的结合能进行了排序。我的问题是，binding energy的最小差异为多少时，可以认为一种化合物（能量较低）比另一种化合物（能量较高）与该蛋白的结合能力更强？ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 Autodock |
» 猜你喜欢
估计是周四
已经有3人回复
-
基金啊基金
已经有3人回复
-
科研孤儿太难了
已经有15人回复
-
让我中一个面上吧！
已经有10人回复
-
言之凿凿，明天官网会通知放榜？
已经有17人回复
-
时间戳又变了
已经有17人回复
-
今天系统多次维护，明天很可能放榜！
已经有11人回复
-
时间戳变了，能看出什么问题？
已经有23人回复
-
只有每年这种时候来逛逛小木虫
已经有22人回复
-
放榜前的不淡定
已经有12人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 碳链长度，降解性
已经有8人回复
- 关于binding energy的计算
已经有4人回复
- 请教碘化铅中碘 3d5/2 binding energy
已经有3人回复
- binding energy怎么这么大？
已经有5人回复
2楼2012-11-30 17:31:19
lrf1980
新虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 41 (小学生)
- 金币: 1254.2
- 红花: 3
- 帖子: 136
- 在线: 52.5小时
- 虫号: 2060967
- 注册: 2012-10-14
- 专业: 药物化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 在理 2012-12-02 12:29:02
francesscototti: 金币+10, ★有帮助, 谢谢 2012-12-03 11:38:04
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 在理 2012-12-02 12:29:02
francesscototti: 金币+10, ★有帮助, 谢谢 2012-12-03 11:38:04
| 对于同系物的能量，如果是autodock的计算值的话，不能单纯看binding energy吧。在binding energy summary理还有一个旋转所需要的能量，有的时候碳链越长这个能量越高。个人认为如果这个能够很高的时候，即便你算出来的能量比较高。但是也很容易得到错误判断，因为很有可能，分子自身没有足够的能力克服旋转所需的能量达到计算所用的构象。实验试验才是检验真理的唯一标准啊。 |
3楼2012-12-02 11:06:25
francesscototti
至尊木虫 (职业作家)
- 应助: 44 (小学生)
- 金币: 36804.4
- 帖子: 3913
- 在线: 182.7小时
- 虫号: 359688
- 注册: 2007-04-29
- 专业: 纳米医学
4楼2012-12-03 11:42:50
lrf1980
新虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 41 (小学生)
- 金币: 1254.2
- 红花: 3
- 帖子: 136
- 在线: 52.5小时
- 虫号: 2060967
- 注册: 2012-10-14
- 专业: 药物化学
| 如果你都有实验数据了，那我觉得你自己应该都可以用实验数据同系物的差值去考察一下autodock计算本身的准确性，当你知道了autodock的准确性后，你也能够清楚的知道autodock 结合能差多少才合理。因为你单纯问结合能差多少是合理的，这个本身意义有限，因为不同的体系和不同的条件下，这个差别合理性的答案应该都是不一样的。对于对接，我觉得应该这么来利用结果。通常实验数据出来后，告诉我们的是一个宏观的结果或者效应。而理论计算通常都是在经过一系列的假设和简化条件下，对某个途径或者机理的近似。如果你的实验结果跟计算结果一致。你能够比较有把握的结论应该是你在做计算的假设和简化基本正确。而不是去追求多大的值差异才是真正的差异。你觉得呢？ |
5楼2012-12-09 17:14:19
40